美國總統川普對等關稅啟動，台灣將面臨32%高關稅，更揚言下一波將針對藥品徵稅，引發全球醫藥市場緊張。儘管台灣藥品出口美國的比例僅約10%，短期內衝擊有限，但對保健食品市場的影響卻備受關注。
據《自由時報》報導，台灣原料藥原就享有低關稅，對製藥產業直接衝擊有限；但多數藥廠也涉足保健食品領域，一旦美國保健品大量以低價進入台灣市場，國內業者將首當其衝。業界擔憂，現行30%高關稅一旦調降至15%～20%，國外商品更具價格優勢，恐壓縮本地業者生存空間。
立委王世堅日前指出，台灣針對進口車與保健食品課徵高額關稅，是引發美方32%對等課稅的主因。王世堅直言，台灣為保護本地藥廠拉高保健食品關稅，遠高於韓國4%、日本6%、中國8.6%等國水準，不僅損及消費者權益，也成為貿易摩擦的根源。
對此，台灣保健營養食品公會創會理事長陳威仁表示，美方調整關稅的細節尚未明朗，但由於雙方關稅落差過大，調降勢不可擋。他主張，關稅調整應採「分階段、小幅降稅」策略，如5年內逐步下調，以降低對本地產業的衝擊。
《今周刊》2022年9月出刊的1343期封面故事「一顆維他命背後千億競技場」，揭露台灣進口錠劑、膠囊狀保健食品普遍課徵30%關稅，使產品價格比國外貴上2、3倍。例如1瓶善存女性綜合維他命在美國超市售價18.48美元，折合台幣每顆約2.8元，在台灣則高達6.9元，價格差異驚人。
當時，美國商會零售委員會共同主席陳昭良便直言，台灣消費者被迫為同樣產品支付更多費用，是不合理現象，亦與全球自由貿易趨勢背道而馳。
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《今周刊》於2023年3月主辦「保健品關稅問題研討會」，政治大學財政系名譽教授曾巨威也指出，在自由貿易趨勢下，台灣應重新思考高關稅政策的合理性。曾巨威強調，關稅在我國總稅收占比僅6.25%，且保護效果難以用名目稅率衡量，應改從「有效保護稅率」來評估產業保護實質效益，並需更多數據佐證。
時任德國經濟辦事處處長的林百科則從國際貿易角度指出，高關稅未必有實際作用。許多保健品原料來自國外，本地加工後再出口，關稅保護有限。他也指出，台灣消費者因高價反而轉向海外代購與網購，使政府實際稅收受限。
經濟部方面主張，並非所有保健食品都課徵30%關稅，熱門商品如美國亞培安素僅課10%、新加坡LAC乳清蛋白為4%；且其他國家雖關稅低，但多有額外附加稅，總體售價未必較便宜。
關稅的設計目的是保護台灣產業，並非只看價格；消費者可選擇替代商品，但失去的產業可能無法挽回。台灣保健營養食品工業同業公會也表示，台灣保健品產業起步較晚，市場規模小，仍需政府關稅保護以培養競爭力。
部分業者主張，台灣保健品業仍在成長階段，若關稅調降，可能加速廠商外移東南亞。然而，也有專家指出，台灣生技產業市值在2022年底已達1.47兆元，10年間成長5倍，顯示產業已有相當實力，應從研發與技術升級提升競爭力，而非仰賴關稅保護。
