「清大事件」中的產學合作觸動兩岸政治的敏感神經，台灣高教界憂心大學自由風氣遭壓抑，政府該如何就防守中共滲透與保障學術自由間，取得平衡、訂定出紅線辦法，是當前重要課題。
政治是一時的，學術是永遠的⋯⋯，因政治需要而壓迫大學，歷史證明那些壓迫都是錯誤的，擁有政治權力者要三思。」
十一月十二日，國立大學校院協會暨私立大學校院協進會，在教育部下令徹查全國各大專校院自我檢視「學術交流」是否違反《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》（簡稱《兩岸條例》）後發表聯合聲明，指若因政策改變，將大學多年前公開合法的活動，編排入罪於今日，對大學將造成傷害，呼籲蔡政府拿捏好比例原則。
國內國、私立大學聯手發表措辭強硬聲明，主要是針對近日爆發「清華海峽研究院」（以下簡稱清峽院）案，清大被指涉遭中共組織滲透而來。
十一月八日，媒體披露具中共官方色彩的清峽院駐點清大後，教育部、經濟部、陸委會即火速組成專案小組前往清大調查，這一番大動作讓過去頻繁進行兩岸學術交流的部分大專院校都繃緊神經，深怕同清大一樣踏入雷區。
究竟清華海峽研究院是什麼組織？過去在台灣做了什麼活動？為何各大高校又大動作反彈？
空間租予中方官方色彩單位 清大未報核准 觸《兩岸條例》
清峽院是二○一五年由「新竹清大校友會」、「北京清華大學」、「廈門市政府」成立，而研究院的新竹辦公室就坐落在清大校園內的育成中心五樓。這個地點原本是清大租給「財團法人自強工業科學基金會」（以下簡稱自強基金會），自強基金會在一六年轉手租給清峽院，過去五年相安無事，直到近日爆出爭端。
根據《今周刊》調查，清峽院新竹辦公室過去活動以各種「論壇」、「創業競賽」，以及為中國企業向新竹清大、交大招聘暑期實習生三大類為主。不過，今年受疫情影響，清峽院已有一段時間未有活動，清峽院兩岸產業促進中心的執行長黃小琛也於十月離職。
