「反萊豬」爭議暫時落幕，不代表台灣加入CPTPP將從此一帆風順，橫在眼前的日本食品進口限制，就是一大障礙。專家期望政府能以科學證據爭取社會支持，不要再出現另一場食安公投。
十二月十八日，四項公投案皆以同意票未達門檻、且不同意票數高於同意票的「雙殺」局面遭否決。其中，投票前正方民調一路領先的「反萊豬」案，不同意選民也以五一．二一％比四八．七九％、約二十萬票差距壓過同意者，總統蔡英文對公投結果的解讀是：「台灣人民希望走向世界，願意積極參與國際。」
蔡英文口中的走向世界，指的是台灣今年九月遞件申請加入《跨太平洋夥伴全面進步協定》（CPTPP），假若反萊豬公投通過，恐將損及台灣在國際貿易夥伴眼中的形象，大幅拉高加入這項高水準自由貿易協定的難度。公投結果，就像是拆除了一道可能橫在入會道路中央的柵欄。
然而，「不反萊豬」並不等於獲得保證加入CPTPP的門票，台灣與其他成員國之間既有的貿易問題，同樣需要妥善處理，對日本福島等周邊五縣市的食品禁令，就是與禁萊豬性質接近的重要貿易障礙。
福島食品攸關日本對台支持
CPTPP會員國皆開放進口
「日本已經把福島問題跟支持台灣加入CPTPP畫上等號，這件事若不解決，最重要的支持者日本，對於台灣加入CPTPP的態度就會打折扣。」公投落幕後，中華經濟研究院WTO及RTA中心副執行長李淳呼籲政府正視福島五縣市食品問題。
事實上，在二○一一年三月日本福島發生核災過後，包括歐盟、加拿大、紐澳在內的許多國家，都曾限制福島及其周邊區域農產品進口，台灣當時的管制措施可說是「符合國際潮流」。只是過去十年來，多數國家已陸續鬆綁禁令，日本以外的十個CPTPP會員國，更皆已解除進口限制，鄰近國家僅剩台灣、韓國與中國（含港澳）堅守高強度管制措施。
