在朝野攻防大戰擦槍走火下，高鐵又成為朝野對峙的爭議焦點。儘管，關鍵時刻的表決結果並未對高鐵造成實質的影響，不過就如同台灣高鐵本身所預知的，未來三十年內，至少還要經過八次的總統大選或政黨輪替，這絕不是高鐵的最後一道難關。
理論上來說，殷琪的話並沒有錯。在一千兩百億元的自有資金中，高鐵的五大原始股東約需出資二百五十五億元，平均每個股東出資五十多億左右。不過，立委卻質疑，從承作高鐵開始至今發包的土建工程款來看，包括大陸工程、太電公司與長榮旗下的長鴻營造等所承攬的工程總計近七百五十億元，光是土建工程就足以讓這些原始股東回本。但是，據承包高鐵工程的下游營造商透露，一般工程的利潤約在一成，而公共建設的利潤大約只有五％，因此大陸工程等承包高鐵工程的利潤並未如想像的可觀。
一旦計畫失敗──政府的財政負擔令人憂心
從財務管理的角度來看， 這個堪稱世界最大 BOT 案的財務規劃，其風險有如高空走鋼索般；一旦計畫失敗，未來政府的整體財政如何負擔得起，令人憂心。針對外界的質疑，高鐵公司雖然提出說帖，指出「就台灣高鐵公司交通部所簽訂之『興建營運合約』，以及與銀行團共同簽訂之三方契約的本質，政府所提出之保證為針對銀行之債權而言，對於台灣高鐵的股東無任何保障……」台灣高鐵還信誓旦旦地表示，絕不可能圖利自己，然而，誠如財務管理專家、政大企管系教授楊子江所指出的，「擔保的金額還是太大了，這樣的財務設計早已喪失當時台灣高鐵公司所援引的『專案融資』的精神」。
「專案融資」與傳統融資不同的是，其主要精神在於不以土地等不動產為抵押品，而是由銀行團視該計畫未來營收獲益能力，如未來的現金流量等為貸款考量，因此，專案融資必然要仰賴層層的風險控管機制，才能保障成功。拿這樣的準則來檢驗，一旦高鐵計畫失敗，最極端的狀況是高鐵公司倒閉，政府得強制買回一堆難再重建的廢鐵。如此看來，為高達兩千八百億元融資擔保的風險實在很大，故在野黨立委陳文茜等人的擔心其來有自。
政府決策草率──民間公司被迫上第一線
專攻財務管理的親民黨立委劉憶如也曾直指， 高鐵 BOT 案為一「不平等條約」。簽下「不平等條約」的是政府是國民黨政府，但「不平等條約」的後遺症顯然卻要全民共同承受，背負著龐大完工壓力的高鐵團隊，也因此與政府形成一種「恐怖平衡」的關係。今天，我們或許可以事後諸葛地說，當時無論是哪一方得標，都要面對無窮無盡的政治責難與籌資風險，難怪今日曾參與競標的中華高鐵團隊會在一旁慶幸當時並未得標。
台灣高鐵公司一路走來步履蹣跚，誠如殷琪所言的「高鐵最大的風險來自政府」。 這一席話，雖然引起輿情譁然，或許可以解讀為，在高鐵 BOT 案的整個過程中，從政府決策的草率，到審標過程不夠嚴謹，政府相關單位自知理虧，面對民意代表的譴責，始終噤若寒蟬，無法大聲為政策辯護，致使民間公司被迫走上第一線，動輒被放大成為檢視「政治正確」的對象。
回顧中華高鐵與台灣高鐵競標之際，包括前交通部長劉兆玄等曾經參與相關事務人士都以「不夠專業！」來界定這個案子。當時，對台灣來說，BOT 不僅是相當陌生的觀念，第一樁 BOT 計劃金額也高得嚇人。 對時任交通部高層官員來說，缺乏從財務規劃與工程技術兩方面考量大型 BOT 案的概念， 只純粹將高鐵 BOT案視為一般公共工程案；加上，當初只想到不要再重蹈台北捷運工程預算暴增三倍多，工期不斷展延的覆轍，幾乎只考量到價格標。而這麼龐大、事涉關卡極其複雜的 BOT 案，審標時間居然由一個月縮短為一天， 決標過程似乎只能用「草率」兩個字來形容。
政務官倫理全丟──民眾福祉被犧牲
曾任高鐵局財務顧問的楊子江表示， 環視國外 BOT 成功的經驗，較適合的個案規模大約在十億到二十億美元間，當時顧問團就曾建議，在高鐵計畫中，適用於BOT 部分約為六百億至八百億的工程比例，其餘工程仍得由政府主導。這樣的建議未被接受，主管單位放任兩大團隊在數千億的工程標案中相互廝殺，也埋下日後無數政治風暴的伏筆。
而台灣詭譎多變的政治生態，讓高鐵 BOT 案的複雜度更雪上加霜。 高鐵肇始於蔡兆陽任交通部長期間，在政權輪替後，先後繼任的交通部長劉兆玄、林豐正等人卻跳出來大加韃伐。這些人在其位時，既沒有肩膀為政策嚴格把關，卸任後，又以子之矛，攻子之盾，台灣的政務官倫理幾乎已蕩然無存。在強人政治主導下，這些政務官充滿了「沒有明天」的焦慮感，往往屈服於層峰的意志，動輒以政治考量為唯一價值，結果便是政策的推動與執行失去一貫性，社會陷於價值混淆的亂局中，更大的代價可能會因會掏空國庫，民眾福祉被全盤犧牲。
在 BOT 案中，政府到底該扮演什麼角色？除了建立監督機制之外， 對開發基金投資 BOT 案的作法，研究民間參與公共建設長達十幾年的楊子江則予以肯定。
楊子江指出，近年民間資金會自動流向高科技等當紅產業，相對的，公共建設則乏人問津。他指出站在政府的角度，應該建立鼓勵機制，在開發基金的帶動下，讓民間的創投導入公共建設，甚至可以仿效當年鼓勵高科技的方式，提供二○％的投資抵減。以高鐵為例，若是更多的民間資金進入，則自然就會形成比政府更為嚴格的監督機制，也樹立起大型公共建設 BOT 案的運作準則。
高鐵大事紀
時間 事件
86年9月25日 台灣高鐵聯盟以「政府零出資」
獲高鐵優先議約權
86年11月6日 台灣高鐵聯盟向經建會提出
2800億元融資
87年6月 台灣高鐵正式提出「興建營運合
約執行備忘錄」及「政府應辦事
項協議書」
87年7月1日 因台灣高鐵無法接受備忘錄內容
而拒絕簽署高鐵興建營運合約；
交通部宣布，即日起由中華聯盟
取得平行議約權
87年10月22日 高鐵融資案額度、資金和利
率加碼在經建會委員會議中獲
得確認
88年3月 政府、銀行團與台灣高鐵展開
三方融資協議
88年5月23日 台灣高鐵募股不順，傳將解約
88年6月4日 台灣高鐵首次例行記者會中改
口，政府應辦事項不再是影響
高鐵興建時程主因，三方融資
問題應盡速解決
88年8月10日 李登輝總統宴請殷琪與劉泰
英，希望中華開發評估高鐵投
資計畫。
88年12月1日 高鐵3083億元融資案底定，交
通部要求台灣高鐵提融資動支
計畫，並依1比3提撥融資
88年12月28日 歐日高鐵對決出現大逆轉
日本新幹線企業取得台灣高鐵
機電系統優先議約權
89年1月12日 歐洲高鐵聯盟向台北地院
聲請假處分，要求台灣高鐵暫
不與日方進行議約，並希望台
灣高鐵能履行85年的雙方
協議
89年5月2日 台灣高鐵董事會決議，六月底
進一步增資200億元，台糖投
入30億元，成為五大股東之一
90年2月21日 華邦電因高鐵經過引發的震動
問題無法解決，決定撤出南
科，引發交通部高鐵局的震撼
90年5月9日 高鐵「振」波擴大，國科會副主委薛香川請辭
91年3月31日 媒體披露與歐鐵聯盟在國際仲
裁敗訴，求償8億美元
91年4月3日 立法院揭弊抓鬼小組召開記者會，質疑行政院開發基金投資高鐵三十億
91年4月22日 台灣高鐵寄發存證信函給聯合報，要求聯合報澄清相關報導，並將聯合報列為「不受歡迎的媒體」
91年6月14日 立法院朝野表決大戰，作成高鐵必須公布承包工程細目、公布前郵儲金不
得撥款供其使用等決議
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