曾經到過大陸投資或現在才準備去投資的台商，應該都知道號稱中共建國以來最嚴重的貪汙走私案｜｜遠華案，至今仍深深影響著台商在大陸的投資問題。從一九九九年起，台商就陸續發生因為逃漏稅事件而遭海關逮捕，有些人花錢脫身，有些人至今仍身陷囹圄，除了美隆東莞廠廠長蕭聯元遭扣押外，還有一家比美隆規模大四、五倍的上市公司，也發生類似狀況。
大陸漏稅不是補繳罰款就能了事
這些問題，完全是因兩岸在稅法上的嚴重差異而起，擁有上海財金大學會計博士的兩岸會計師蔡松棋就表示，大陸稅法相當嚴苛，對於懲治偷稅、抗稅的相關規定，比台灣嚴格太多。在台灣，很多人對「逃漏稅」的態度認為只不過是補稅或罰款就了事，連曾經擔任過副總統的連戰，也曾經發生妻子連方瑀補繳稅款的情況。
但是，根據中共全國人大常委會通過的懲治偷稅、抗稅犯罪行為刑法規定，納稅人採取偽造、變造、隱匿、擅自銷毀帳簿等行為進行虛假的納稅申報就是「偷稅」，意指竊取國家稅收，因此，必須接受刑罰的懲治。
大陸逃漏稅問題有多嚴重，從轟動全世界的遠華案，相關涉案人陸續遭到槍決即可略見一二。蔡松棋說，根據中共稅法，偷稅數額占應納稅額一○％以上且金額在一萬元人民幣以上者，可處三年以下徒刑併科五倍以下罰金；偷稅額占應繳稅款三○％且金額在十萬元人民幣以上者，可處三年以上七年以下徒刑，併科五倍以下罰金，事業單位以假報出口的欺騙手段騙取國家出口退稅款刑度亦同。
而且海關還有直接權力查扣納稅人或事業主管的銀行帳戶，這些刑責，對於習慣在台灣「作帳」的台商來說，問題實在很頭痛，至於台商最容易發生的原物料進口核銷問題，幾乎無一倖免。
東莞台商三不五時就要被查稅
至於公司在遭到查稅之後，要如何因應？東莞台商協會祕書長陳明致表示，前一陣子中共海關大規模的查稅行動，不少台商至今仍然提心弔膽，有些廠商出了問題，都只是盡量息事寧人，尤其上市上櫃公司，更不可能在公開訊息中揭露。
前一陣子查稅事件風聲鶴唳時，一家廠商被查出問題，相關的上、下游廠商無一倖免，因此，確實有很多台商把企業移轉到內地，東莞四千多家台商，海關在管理上也有相當的壓力。
包括台達電、鴻海、燦坤等已經在大陸投資有一定時間的台商，都紛紛將工廠移往內地的蘇州、上海、武漢、西安。對東莞台商而言，三不五時就要被查稅，台幹不小心就被帶走，對上市上櫃的公司影響深遠。
另一位經常受理台商法律糾紛的兩岸律師表示，他曾經受理桃園一家製鞋工廠委託，這家工廠有四名台籍幹部被海關抓走，他從大陸方面主動得知訊息之後與該公司聯繫時，公司的反應相當「詭異」，後來一位高層主管才透露：「在你之前，至少有三十個人來過了，他們都聲稱有辦法救人，但是大部分都是拿了錢卻無疾而終」。
海關總署棒打廣東
這位律師說，後來他抱著姑且一試的心態，直接從北京了解案件的相關問題，發現要放人根本不可能，海關總署的人員就透露，因為遠華案牽涉的層面太大了，對於類似遠華案的走私、逃稅案件，幾乎都是由中央直接控管。
雖然這位在東莞擁有兩個工廠的老闆，願意花一個廠的全部費用四千萬元人民幣，救出四個被扣押的員工，但還是沒辦法，只能靜觀其變。一位在東莞投資連接器的許姓台商就說，他的好朋友七個月前才被抓走，到目前也是沒有眉目，不知道何時才能重獲自由。
至於台商的查稅問題，為何以東莞最為嚴重？熟知兩岸法律問題的北大法學博士譚湘龍表示，雖然遠華案發生在福建，但海關總署卻選擇「最不聽話」的廣東作為查緝逃漏稅的首要目標。
有人說，這是因為幾任廣東省長一直以「經濟諸侯」自居，另一方面是東莞的台商實在太多了，早期官方為了發展經濟只顧招商，現在台商逐漸壯大，尤其遠華案也牽涉到部分台籍人士，才讓整個「嚴打偷稅運動」波及台商。據他估計，這些台商偷稅、漏稅事件，甚至包括被扣押的台商，至少還要熬三年，讓遠華案真相逐漸明朗，再經過一段時間的沉澱，法令也跟著修訂，問題才會逐步解決。
譚湘龍說，在中共宏觀調控的原則下，台商與外資企業所扮演的是「創匯」的角色，在嚴格把關下，政策上並不允許台商從事內銷，造成與國營企業競爭的狀態。
不過，有些台商會利用與大陸人成立內銷公司的手法避稅，而這些行為一旦被查獲，情況可能更糟。這些問題多少是因為一般公司初次踏上大陸投資的時候，只找會計師，不會找律師，因此忽略了許多投資合約的談判空間，例如合約簽訂一○○％外銷的公司，一旦被查出內銷，問題就相當嚴重。除了忽略內、外銷比率的談判空間外，在簽訂內銷合同的同時，又多出一個遭查核的陷阱，總之，台商的查稅經，每一個人都有說不盡的苦水。
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