三十三歲由經建會轉任工業局二組組長，三十八歲升副局長，四十二歲再榮升局長，尹啟銘連創工業局最年輕的升官紀錄，是典型的「 官運亨通」。不過，在四十五歲晉升經濟部常務次長後，尹啟銘技術官僚表現出的政績，儘管在產業界與科技界獲得的評價愈來愈高，更是大家公認難得一見的「 好官」，但是官運卻「 原地踏步走」，沒再有「 更上一層樓」的機會。
不過，日前尹啟銘突然向新任經濟部長林義夫表達強烈「 不滿」，並差點演出「 辭官記」。
這齣戲導因於林義夫升任部長後，常次陳瑞隆升任政次，工業局長施顏祥升任常次，經濟部三位次長職掌重新調整。尹啟銘熱中主管的工業局、技術處等都被拔除，只給管一些礦業司、礦務局、地質調查所等冷衙門的單位，這種遭「 冷落」、「 冰凍」的滋味實在不好受。
尹啟銘氣不過，找林義夫據理力爭，並當場表示如果職掌分工這麼不公平，他將在五月間遞出辭呈，提前退休。可能是這一怒的結果，林義夫才將國貿局撥給尹啟銘掌管。
不過，讓尹啟銘沒辭官，卻是有些天意。話說有一天深夜，批閱完公文想休息一下的尹啟銘，轉台找電視節目看，不小心看到「 同學」明光法師講道，一番「 福田」的佛理，讓他「 頓悟」，到哪裡都是「 福田」，都是修行。連日來的鬱悶突然間釋懷後，尹啟銘打消辭官的念頭，並快樂耕起「 福田」來。
尹啟銘工作能力與操守都是一級棒，更可貴的是他對政治始終保持「 不沾鍋」的關係。只可惜扁政府裡有些人一直認為他國民黨色彩太濃，更討厭他那自命清高，常與政策唱反調，不太聽話的個性。
在扁政府要停建核四，尹啟銘熱淚盈眶，極力反對；林信義在經濟部長任內，要降低工業區土地租金以鼓勵廠商進駐，尹啟銘卻唱反調，認為降低租金無用，最重要的應該是企業經營的大環境要改善；林文淵在國營會副主委任內，為救中船營運動腦筋，要向台電核後端基金借錢，尹啟銘卻堅持必須符合基金有關「 專款專用」規定。
其實，尹啟銘並不是故意與扁政府唱反調，他只是一個講原則的人，像官員敬畏三分的「 經營之神」王永慶一樣，尹啟銘的槓子頭脾氣一犯，管你是誰，照樣不怕得罪，例如六輕隔離水道是否縮減，以及麥寮電廠違規機組能否「 就地合法」等問題上，他始終堅持一切依法行政，不可隨意放水。
尹啟銘這份讀書人的堅持與執著，在某些政客的眼裡卻是個不討人歡喜的「 臭老九」。不過，喜歡吃巧克力糖的前經濟部長宗才怡滿賞識他，他提的一些意見與看法，都受到相當的重視、尊重，甚至還當場賞巧克力糖吃，很對喜歡甜食的尹啟銘胃口，無奈宗才宜的任期才四十八天。
