○六年八月，一趟國發基金委託何大一的南華投資考察之旅，一份關鍵報告，卻種下五年後外界對何大一的漫天指控。到底何大一寫了什麼？
二○○六年，何大一出具給時任經建會主委兼國發基金召集人胡勝正的報告裡，第一頁就寫明，南華手上的TNX-355獲得美國食品藥物管理局（ＦＤＡ）認證的機會，有二分之一。
南華有二分之一的成功機會
裡頭更載明，何大一推崇且支持南華要在台灣設立世界級蛋白質藥廠的理想，因為全球單株抗體（新形態藥物的一種）市場有機會在一○年達到三百億元，台灣應努力占有一席之地。對應外界對何大一評斷南華不具投資價值的說法，等於不攻自破。
但何大一並非一面倒地贊許南華的簡報，他也提出幾點隱憂，包括：TNX-355是針劑，但當時愛滋病患多選擇簡易口服藥物的治療方式；其次，TNX-355一年療程需要病人回診二十六次，治療負擔恐增加；第三，當年同期，德國藥廠默克也在進行愛滋疫苗的研發，一旦成功，勢必瓜分市場（直至○七年九月默克宣布放棄開發）。
另一方面，儘管何大一推崇南華蓋廠的想法，但要國發基金投資十七億元，整體投資案必須計畫周全，因為國家投資計畫不只要對台灣經濟有貢獻，對台灣人健康也要有同等效益。
何大一在報告裡頭點出，南華計畫裡，除了TNX-355的研發計畫外，缺乏其他如流行感冒疫苗等對一般國人健康有助益的產品。更別提TNX-355的生產只需幾周，若無其他藥物支撐，這個蛋白質藥廠一年可能有四十幾周產能都是閒置。「這也是後來宇昌與Genentech（基因科技）談授權時，Genentech一度想把聖地牙哥的工廠賣給宇昌，但宇昌團隊並未接受的原因之一。」因為只有TNX-355一種藥，根本不足以支撐產能。
在何大一報告裡也提出疑問，為何這趟南華投資案考察之旅，只有他一位技術評鑑專家？他困惑如此大的投資案，為何不公開招標？「你可以說這些內容是負面評價，但何大一只是基於他的專業提出見解。」知情人士分析。
針對這些爭議，至截稿前，仍無法取得何大一的回覆，據他的友人透露，被捲入政治風暴，加上母親身體不適，讓他身心俱疲。一顆具有潛力的愛滋新藥，自哈佛醫學院被開發後，從美國一路傳至台灣，儘管TNX-355目前在中裕手上完成臨床二期，卻因選舉引起甚大風波，恐怕是所有參與人士都始料未及的吧。
何大一的報告中載明所有日期及建議，最後並署名。
