十月初，中國潛艦在琉球外海出現，引起日本一陣緊張。接著不久，日本政府宣布逐步削減對中國的經濟援助，兩件事對日中外交造成激盪作用。
此時阿扁卻公開表示，這是我方向日本提供的情報，意在強調台日有密切的情報合作關係，但此舉剛好觸動日本敏感神經，立刻受到日本公開否認。
根據日本方面的消息，這艘潛艦在進入日本領海之前數日，即在日本反潛機的監控之下，後來日本加派兩艘驅逐艦加以追逐。中國潛艦闖入日本領海的時間前後大約兩個小時左右而已，但這是首次如此公開地闖入，可能是發生意外事故才造成。
雖然日本政府當時不敢公布潛艦的國籍，但媒體早就點明它是中國的海軍，並且強烈批評中國的威脅，日中的海上安全和能源安全立刻成為輿論焦點。
近年來，北韓間諜船，中國海測船和潛艦，在日本海附近出沒，引發日本防衛本土的新挑戰，尤其是中國，每年兩位數字成長的國防預算，以及發展遠洋海軍，往海權國家前進的企圖心，使日本重新擬定其防衛構想，但日本受限於和平憲法，空有強大的海軍，卻無用武之地，而靖國神社和歷史問題一再糾纏不清，使日本有一種想要變成一個正常的主權國家的焦慮感和無奈感。
中國和日本在大陸棚和專屬經濟海域上面互有重疊之處。近來，中國與國際合作在東海探勘天然氣，此舉引起日本的緊張。釣魚台問題也是來自海底資源的競逐。中日雙方均為能源進口大國，從東海、台海到南海一路到印度洋，這種海上安全和能源安全的競爭，必將愈來愈尖銳化。
在這個時刻，日本對中國的援助變成一件奇怪的事。日本人民很難理解，為何日本長期經援一個擁有核武、不斷整軍，且對日本不友善的國家。
事實上，當日本一九五八年推動援外政策時，印度是第一個受援國，但因為冷戰，日本與印度愈走愈遠，中國地位則日益重要，今天的日本經濟與中國的依存度很高，甚至成為日本經濟復興的寄望。日本必定設法維持中國的友誼，不敢輕易得罪中國。
九五年台海危機，對台日關係是一大轉機，也促使日本調整美日安保內容。而中國崛起衝擊亞洲的戰略態勢，對台灣的戰略價值又增加新的面貌，台美日的安全合作有不少空間。但這種合作應該審慎規畫，細密推動，不能夠敲鑼打鼓，否則會造成反效果。
可惜的是，日本是經濟大國，卻是外交小國，日本政客欠缺決斷力，年度舉行的美日安保均在瑣碎事務性議題打轉。台日關係亦然，雖然台日交流密切、互訪頻繁，然而，缺乏整合，各自對話，各別交流，缺乏政策目標，長期以來，不免顯露疲態。
阿扁因潛艦而對日本喊話，意在凸顯我與日本關係之密切，但這種作法，打草驚蛇，不一定有助於台日關係的推展。
