政府籌設直接隸屬於行政院的「海岸巡防總署」，初步決定將採雙軌指揮體系。其組織架構是以軍方的海巡部為主，將內政部警政署水上警察局，四個港警所，各縣市漁港安檢單位，及財政部關稅總局部分單位併編，以收事權統一的效果。除水上警察局單獨規畫為「海上巡防署」外，總署之下再設北、中、南、東等四個地區巡防署。據參與規畫人士指出，為兼顧國防部、財政部及內政部三個單位的要求，整個組織將大幅膨脹，例如內勤幕僚單位改設五個司、五個處及二個室，處室之下再設二十七個組，預算也勢必大幅增加，這一如同﹁酷斯拉﹂的海岸巡防總署如貿然成立，在不同機關文化及隸屬背景下，問題必然叢生，難以發揮統合力量。
尤有甚者，行政院長蕭萬長一直強調推動行政改革，要精簡組織人事，以構建「小而能」的政府自許，但如今卻搞出一個大而無當的恐龍出來，無異自打嘴巴，也予人「政府機關減肥卻越減越肥」的不良觀感。
就我們的看法，海岸巡防工作基本上應是國防部的責任。目前我國有三、四十萬軍人，海軍歷年耗費巨資添置船艦設備，難道連海岸巡防的任務都不能達成？更何況有警政署海上警察局及海關緝私單位的協助。目前績效不彰，是各機關協調不佳、執行任務不力所致，並不是設立一個階層更高、組織更龐大的機關，就能完全改觀。例如，海岸巡防總署成立後，其位階與國防部平行，則這兩單位的分工與協調會更困難，爭功諉過的現象會更嚴重。
與此類似的案例是財政部證券暨期貨管理委員會將升格直隸行政院。今年農曆春節前舉行的「財經會議」作此建議，並獲行政院高層及財政部支持，但證期會升格後，因仍隸屬於行政院，仍不能免除來自立法委員關說施壓的干擾。而且目前金融業朝「綜合化」方向發展，銀行、證券與保險將呈「三合一」局面，證期會升格後，管理金融業務的政府單位有財政部金融局、保險司及即將成立的金融檢查局，再加上中央銀行及證期會。由原先的「兩頭馬車」變成「三頭馬車」，問題會更複雜。
我們認為台灣基本上是一個小國，不必仿美、日、德等大國，設立許多機關作細緻分工。 應該仿香港、新加坡的作法。這兩個的金融管理局 ( MAS )事權統一，行政效率很高，權威與績效有目共睹。香港甚至未設中央銀行，新加坡則常由副總理兼閣員，或一人兼兩部會首長，藉收統合、協調之效。這些經驗都值得我們參酌、採行。
