運作將近一年，在各校引頸企盼中，教育部與國科會根據教改行動方案所推動「大學學術追求卓越發展計畫」終於在本月初公布複審結果，然而，二二三三件的送審計畫，卻僅有四校七案全計畫通過，且集中在自然科學領域，引來不小爭議，而私立學校全數落榜，更讓私校校長大為反彈，在校長會議中大呼「不公平」！
東海大學校長王亢沛則質疑「追求卓越計畫」施行的公平性：公立大學比私立大學早半年知道這項計畫，雖然如此，各私立大學的老師們得到相關資訊後，還是很努力地用僅剩的幾個月時間來寫計畫，結果居然沒有人上榜，讓大家大失所望，甚至有種「被捉弄的感覺」。
面對私校校長的反彈，教育部次長吳清基解釋：「追求卓越計畫」審議小組的十三位成員，經過對「卓越」審核標準的冗長討論後，決定採「精粹的拔尖主義」，以「具有一流、領先、超越潛力，能將台灣學術推向國際級定位」的計畫案為優先考慮，領域則鎖定在網際網路、光電、通訊等領域，結果在初審時，即發現師範學院及私立學校的計畫案根本無法符合要求，後來經中研院院長李遠哲提出「應考慮各校均衡發展」，決定在八十九學年度再撥出十五億元的經費，補助各校針對大學部學生培育之教學改善方案。
不過，這樣的說法並不能讓私校校長們信服，反而引來更大的抗議聲浪。
「如果真是這樣的話，就應該先跟我們講清楚、說明白，不要讓我們白忙一場。」私立大學校長協進會會長、世新大學校長成嘉玲表示，就算明年真的有十五億元的教學改善方案計畫補助，跟補助公立大學重點研究的大筆經費來比，還是個小數目，公私立大學的不均衡發展將可能更加嚴重。
王亢沛認為，追求研究卓越應是國科會的工作，教育部應朝教育卓越方向努力，原本各校就應有均享研究經費的補助，不應獨厚研究資源本來就較豐厚的公立大學。東吳大學校長劉源俊則指出，教改行動方案是要「大學教育追求卓越」，為什麼會變成「學術追求卓越」，教育部的做法顯然扭曲了行政院教改會的原意。
雖然不是私立大學，不過，某代表校長出席會議的師範學院教務長也私下表示，師範體系的學校比較重視教學人才的培養，提的頂多是教學改良或實驗計畫，不太可能是那種審議小組所要的重要級研究計畫，「追求卓越計畫」應衡量各校特性，多重視社會人文的研究。
針對私校校長們的建議，教育部長楊朝祥則承諾，將研擬出更公平、完善的「追求卓越計畫」，同時也將逐年將公私立大學的教育補助款比率拉近，讓私立大學的體質更加健全。
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