澄社在陳水扁就職滿三個月時，送給新政府一份厚禮，一份長達二萬五千字，針砭時政沉●的萬言書。陳總統雖然人在南半球，不過照慣例，阿扁團隊一樣在第一時間做出即時的反應。而面對的既是在社會上素有清望的澄社，向來與改革派學者交好的民進黨人士，自然也只能表示虛心受教的態度。
雖然如此，澄社也不必太過悲觀。這次澄社出招立刻獲得執政黨的善意回應，儘管新政府短時間也不可能提出什麼石破天驚、扭轉劣勢的應對措施，但是和舊政府時代任何改革呼聲幾乎都是石沉大海、毫無反應相比，至少現在的執政黨不是麻木不仁的無機體，對外在的刺激還是會有反應的。光憑這點，就值得長期關心台灣前途發展的人士心懷希望了。
阿扁當選總統之初，不少人擔心過去長期與民進黨接近的社會團體與媒體會雞犬升天，成為執政者的外圍，而過去監督國民黨不遺餘力的民間單位也將自廢武功，致使全民政府成為無監督狀態。從這次澄社的萬言書來看，過去的擔心大概是多餘的，而澄社也因而更加確立其監督政府的角色與地位。
