行政院長游錫堃上任一百多天以來，慢慢摸索出他對事業單位的人事基調，開始展現他強勢的作風，從台電的林文淵到航發會的蔡兆陽，雖然都是總統府的欽定人馬，游錫堃照砍不誤。一直把國營事業董事長不是酬庸當作人事操作指標的游錫堃，已經宣示從七月開始，國營事業董事長出缺將由甄選委員會統一選聘，雖然可以暫時降低國營事業的政治干預，但是這種前所未有的人事操作手法，卻也讓執政屆半的扁政府，出現資源分配的高難度挑戰。
前台電董事長林文淵是總統府欽定的人馬，因此游錫堃 當初要換掉林文淵之前，曾經請示過總統府表達即將議處的決定。據了解，當初陳水扁雖支持行政院的處分，但沒想到游錫堃 採摘掉林文淵的董事長烏紗帽這麼嚴重的處分，加上後來調查結果顯示，事端可能是中油的油儲資料錯誤，導致台電誤判存量，所以總統府對於林文淵的下台，多少感到些許愧意。
不過，就算是錯殺扁系愛將，總統府對游錫堃 的人事權仍持尊重的態度，而游錫堃 當然也知道國營事業與其他財團法人的董事長，個個都是頂著總統府的招牌，要動刀必須格外小心。這次行政院又碰到航發會事件，處理起來的手法就細膩許多。華航澎湖空難後，游錫堃 上周在院會中就釋放出兩年內讓航發會釋股的宣示，只不過，這項政策宣示在航發會董事長蔡兆陽眼中「並不可行」，堅稱目前不是華航釋股時機的蔡兆陽，完全沒有感受到一股冷風已經從他背後吹起。
與李登輝、林榮三、張榮發都有深厚交情的蔡兆陽，一向都是扁政府相當照顧的對象。國民黨敗選後，他不但是陳水扁的有給職國策顧問，還擠掉交大校長張俊彥，如願出任航發會董事長。也因為蔡兆陽在總統府內無往不利，因此游錫堃 在整頓航發會之前得步步為營。
由於航發會的九席董事皆是官派，因此行政院這次先從官派董事下手，由兼任航發會監事的主計長林全發動，包括張俊彥、美麗島辯護律師張政雄等董事配合，一天之內有四名官股董監事請辭，當時在立法院中備詢的蔡兆陽還渾然不知，直稱「我要負什麼責任？」
行政院發動官派董事帶頭請辭後，游錫堃 前往總統府向陳水扁報告，強調航發會改組已勢不可擋，在經陳水扁同意後，上午還在立法院信心滿滿的蔡兆陽，傍晚隨即提出口頭辭呈，表明他「知所進退」。從兩天後改選的航發會新董事成員中，九名董監事中竟有五名是上一屆的成員，讓外界不得不懷疑行政院大動作的換血，難不成只為了換掉董事長蔡兆陽？
許多人觀察，相貌憨厚的游錫堃 ，施政風格頗似宜蘭名產「糕楂」（雞油蝦泥的炸物〉 ，也就是外冷內熱，看似不起眼，一口咬下去，包準燙得眼淚直冒。從台電到航發會，以至後續的董事長遴選委員會，越棘手的人事案，游錫堃 處理起來越不手軟，不過，屢次找阿扁的愛將開刀，游錫堃 在立威之餘，也為未來的府院互動埋下觀察的伏筆。
