農漁民一一二三的大遊行，平和落幕，三度遞辭呈的行政院長游錫堃也在顧全大局下，接受陳水扁的慰留，進行內閣局部改組。街頭、內閣兩平息，讓陳水扁上任以來最大的政治危機似乎已獲暫時穩定。不過，在這次驚濤駭浪的過程中，卻也看出任期已過三分之二的陳水扁政府，卻仍有許多無法突破的執政罩門；而歸納原因，包括扁李關係拉鋸、扁游體制不良與黨務系統整合欠當等三大因素，一直困擾著扁政府執政引擎的啟動，讓施政推動有氣無力，進一步退兩步。
首先是扁李互動，這次農漁會自救會的十項訴求，大部分都是李登輝的建議版本，農委會在遊行當天接受了其中九項，姑且不論未來行政部門能否照本宣科，至少在農業金融的主導權，宣示寧失政權也不放棄改革的陳水扁，最後選擇往李登輝路線傾斜，讓原本以為總統站在這一邊的行政部門有種被出賣的遺憾。
從八吋晶圓廠登陸到 OBU 資金機制，李登輝在陳水扁的重要財政決策上， 都扮演踩煞車的角色，而這部分都是陳水扁陌生而沒有把握的領域，讓強勢的李登輝更有介入的空間，未來，陳水扁要如何在自己的財經領域上定位，拉高自己的視野，才能重拾財經低迷的領袖信心。
另外則是未來與游內閣的互動，游錫堃雖然留了下來，但是扁游體制經過此次撼動，已經不如以往緊密，游上任不到十個月，兩人由蜜月期直接跳到「修復期」，未來陳水扁必須改進凡事跳到第一線的急躁性格，讓閣揆有更大的施展空間，也避免自己成為火線人物，畢竟，總統任期已進入最後階段，陳水扁再沒有換閣揆的本錢。
最後則是黨務整合，尤其是重大爭議事件，陳水扁還是不改「一人決策，全黨背書」的性格。從核四復工案到農漁會信用部分級管理措施暫緩，陳水扁的政策轉彎風格，常讓民進黨上下追趕不及，以往黨籍立委在心中犯嘀咕，現在則是公開炮轟，顯示大家對陳水扁的獨斷領導風格已經失去耐心，陳水扁必須重新擴大他的決策機制，讓共同打天下的民進黨菁英能分享執政權力與分擔政策責任，適度地釋放，才能換來長久的領導穩定。
