一度被認為與扁政府關係友善的中時報系，近來卻成為民進黨高層「非常感冒」的抗議對象。雙方關係從「有點黏」到「有點僵」，選前是否進一步惡化還頗值得觀察。
據了解，扁營在農曆過年前更派出競選總幹事蘇貞昌做代表，與中時高層餐敘爭取支持公投，但中時高層表明不支持防衛性公投，蘇貞昌和阿扁子弟兵羅文嘉無功而返。除了公投議題溝通觸礁，民進黨高層對於中時報系「漠視」黨產問題，並把阿扁財產和吳淑珍玩股票與連戰家產相提並論也很感冒。
雙方關係近日更加緊張，則因為二二八守護台灣活動台南縣預演，《中時晚報》雖然在二版大版面報導，卻幾乎全是負面新聞且未做平衡報導，《中國時報》更是只放在六版不起眼的位置，民進黨副秘書長李應元對此相當不能諒解。扁營發言人吳乃仁也在國親質疑合辦辯論會的《台灣日報》「親綠」時，公開挑明說「那我也可以講聯合、中時都親藍」。
據了解，余建新與阿扁核心幕僚馬永成長期互動密切、關係良好，在新聞界早已不是祕密，但雙方關係近年受到扁政府搜索中晚、余建新投資的中天電視銀行聯貸案未過關等影響，扁營也接連對中時報系新聞處理高度不滿，雙方關係會不會更僵，已受到外界矚目。
