國立中山大學一向以理工及管理科系著稱，表現突出，長期以來是南部地區產業重要的推手，近年來在人文社會方面更是有驚人的成果表現。作為我國高級知識分子培育搖籃、「發展國際一流大學及頂尖研究中心計畫」成員，以及南台灣高等教育第一學府，無論在本質上、能力上，或是南方區位上，本校都具有發展東南亞學研合作的絕佳條件。
同時，本校佔據一個有利的位置，也就是能夠統籌南部智識資源，協助所本校及所在地高雄市成為南部區域發展核心中樞。以所在地高雄來看，其作為南向新門戶有三個優勢：第一，地理的接近以及氣候的相似性，讓高雄的發展條件可以跟南向國家相互借鑑；第二，高雄有農業發展的屏東相配合，對南方國家關鍵性的農工部門轉移，可以有農業技轉、綠能與環境保護、工業園區設計等多元合作；第三，與台北地區相較，高雄具有後進優勢，基礎建設還未飽和，在轉向工業4.0的新時代，與南方國家的技術與人才交流一方面可以豐富高雄在城鄉與區域發展上的前瞻性，另一方面又可以成為與東南亞各國合作添加新元素，形塑一個台灣具有關鍵性角色的區域發展。
除了既有的政經交流基礎之外，台灣若要獲得與東南亞國更多元交流管道，必須落實在社會文化上更融入東南亞社群。在政治上擴展高雄的城市外交，經濟上促成高雄成為南向的運籌總部集結點，本校則能透過高雄市的成長而豐富自身規劃發展的能力與規模。因此，本中心主要之宗旨，係以統整本校及南部地區智識資源，專注研究台灣與東南亞雙邊合作議題與任務，發展台灣與東南亞之學研交流管道，遂成為國內重要東南亞研究智庫。
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