農業部長陳吉仲因進口蛋爭議，周二(9/19)晚間宣布請辭，行政院長陳建仁也勉予准辭，並於周四(9/21)生效，將由農業部政務次長陳駿季暫代部長一職。
周三(9/20)是陳吉仲當農業部長的最後一天，他出席農金獎頒獎活動接受訪問提到請辭相關問題，他說其實從來不會覺得有任何委屈，也說自己每天都在為農民做事情，卻受到不實抹黑。
「現在離開了，針對我的個人攻擊一定會減少，也相信農業部未來就能好好做事」。至於下一步，陳吉仲說今天過後將回到中興大學、重拾最愛的教學工作。
陳吉仲原本在中興大學應用經濟學系擔任特聘教授，2016年總統蔡英文上任後，借調擔任農委會副主委，後來接任農委會主委，而農委會升格農業部後，他成為首任農業部部長。原本將在明年5月19日借調期滿，現在將提前回學校教書。
對於陳吉仲說卸任部長後將回到中興大學，據NOWnews 報導，中興大學指出人事室已收到消息，會在明天歸建，目前在等待農業部來文，學校後續會啟動相關程序；至於課程銜接方面，由於陳吉仲與系上教師持續都有合授課程，因此課程方面亦可順利銜接。
跟陳吉仲說辛苦了 賴清德：他出現在台灣每一個農民需要的地方
副總統、民進黨主席賴清德周三(9/20)出席民進黨中常會，對於陳吉仲請辭農業部長一事，他說想要跟陳吉仲說「7年來辛苦了」，也肯定陳吉仲過去展現政務官的精神。
賴清德指出，陳吉仲是農家子弟，也是農業的博士，懷抱理想，進入政府部門，從農委會副主委一直到現在的農業部部長，「七年多來，可以看到他不辭辛勞，出現在台灣每一個農民需要的地方，他都跟農民站在一起，解決各種困難」。
賴清德提到，陳吉仲建立「三保一金制度」，保障農民生活，也推動「食安五環」的政策，確保糧食的安全，保障國人健康，當然也更進一步地進行各種行銷的工作，來確保農民的生活，所以他肯定陳吉仲過去7年展現政務官的精神。
此外，賴清德也說，希望未來朝野的攻防，特別是農業的議題，應該要回歸到理性的討論，「這樣對農業的發展、農民的照顧，或者是糧食的安全才會有正面的幫助。」
「我非常單純，沒有任何派系和黨籍」陳吉仲：7年來充滿鬥志
對於雞蛋專案進口政策頻讓在野黨質疑，陳吉仲9/20出席農金獎活動時表示，周五就要專案報告，外界不需要把他的去留和政治議題做關聯。
他說自己非常單純，農家出身、大學教書，沒有任何派系和黨籍，每天99.9%都在為農業部門做事，「原本相信只要專業在，國家就會往前走、只要花心血，就會被人看到，所以沒有把時間花在對不實的抹黑攻擊做有效回應。」
至於請辭後的職涯規畫，陳吉仲表示他來自中興大學，今天結束以後明天就回到學校。「大家不會忘記我是學者吧？我發表很多氣候變遷的期間，做過很多氣候變遷的研究，可以回去教書，教的都是非常艱深的數學，但我非常喜愛」。
他也說未來也會繼續力挺農業部門做任何正面的事情，「如果農漁部門受到任何專業以外的攻擊，我是教授，我絕對會為各位來捍衛」。
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北北桃基、台中營養午餐「禁用液蛋」陳吉仲喊話：問過專業再發言
另外，針對北北桃基、台中縣市首長宣布學校營養午餐「禁用液蛋」一事，陳吉仲再度喊話表示，雞蛋需求中有15%加工是使用到液蛋，希望相關政府官員先從專業了解後再來發言。陳吉仲也說，「非常抱歉沒有把食安教育擴及所有民眾。」
行政院副院長鄭文燦出席活動時也強調，農業部已公布所有進口雞蛋，「交給哪些蛋商、哪些食品加工廠、哪些洗選中心、分縣市交給地方政府，食藥署也有完整資料可以稽查，資料完全透明」。
鄭文燦表示，目前進口雞蛋食用上，除了少數殼蛋時效標示有錯誤外，主要是進口雞蛋轉成蛋液需要標示產地，有部分食品工廠沒有標示被稽查發現，而這部分確實需要再標示清楚。
