「教育改革是我的夢想，所以我要把握這三年的任期，盡可能實現這個夢想。」
台北縣副縣長的林萬億說：「我很了解現在的權力得來不易，而且並非永恆，因
此所有教育典章制度的設立，都必須有『百年大計』的考量。」
除了積極推動合理的校長遴選制度、鼓勵教師會自主發展，林萬億也特別注重家長對校務的參與，一般縣市的中小學校務會議，家長代表只有五分之一，北縣特別提高到百分之三十。最近，縣府也將舉辦為家長會的成員舉辦研習課程，讓家長更加了解校務運作和教育原理，希望透過社區的參與和監督力量，提升中小學的教育水平。
此外，素來關心青少年議題的林萬億，也立下全國之創舉，從本學期開始，試辦專業社工人員進駐十三所學校，以彌補校園輔導體系的不足，並與少年福利服務中心、少輔會、家庭暴力及性侵害防治中心合作，建構學校、家庭、社區三方的連結網絡，未來則將朝每個鄉鎮市至少設置一名學校社工的方向邁進。
上任半年以來，從社區大學的設立到校長遴選、授課，都惹來不少爭議和批評，不過，林萬億說，真正觸動問題核心的深層改革必然會引起反對的漣漪，他不會因此就輕易放棄。
林萬億指出，等到校長、教師、家長三方都有所進步，確立中小學改革進步的鐵三角關係後，下一波的改革重點將會擺在學前教育。他認為，台灣的教育愈往下資源愈少，是很奇怪的事情，目前幼稚園和托兒所雖各有法條規範，但因幼教勢力龐大，大家都不想碰觸這個三不管地帶，因此，下個階段，他將會把主力擺在學前教育。
雖然副縣長的工作繁忙，不過，林萬億還是每周撥出三個小時回台大教書，從未缺席，過去的研究工作也未因此而中斷，不喜歡官場應酬的他表示：「教學研究還是我的最愛，三年任期一滿，我一定會回台大。」
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