在軍系素有「民主將軍」之稱的參謀總長湯曜明，於政局變天前夕，率同軍系向新總統宣誓效忠的畫面透過電視傳送，在民進黨內部引起不同的議論。
一樣的宣誓效忠引來兩種不同反應
在選前，由湯曜明領導的軍系，為因應外界可能對「軍隊中立化」立場有所質疑，湯曜明便指令聯參首長對此問題進行研究。在研究過程中，究竟由部長或總長代表軍系向新總統宣誓效忠，曾引起討論。結果依據法制單位的意見認為，部長因具政黨色彩，理應隨政黨交替共進退，故而由部長向新總統宣誓效忠恐不方便。可是參謀總長就無此顧慮，此因參謀總長隸屬軍令系統，是三軍統帥的軍事幕僚長，由總長代表軍系宣誓效忠，一方面兼具政局安定的意義，一方面可凸顯軍系超越黨派的色彩，對政權於和平轉移過程中可起穩定性的作用。
湯曜明接受該項意見，接著對文稿內容、發布時機、衣服穿著亦有所討論。三月十六日幾經修改的文稿，呈請李登輝過目後即定稿。至於發布的時機，選定在投標截止，不待結果揭曉，即行發布較為適宜。湯曜明經審慎考量，報請李登輝首肯後，便在投票截止時，以「國軍使命與立場」對外發表談話。一場劇場的排演，動員聯參首長的參與，是軍系難得的畫面，湯曜明對此頗感自豪。
軍系對陳水扁效忠是「制度化」服從
詎料湯曜明的談話，在選舉結果揭曉後，軍系效忠的對象，居然是具有獨派色彩的陳水扁。許多無法接受現實的將領，對湯代表軍系表態的動作，並不以為然有不少的意見透過電子郵件傳達至參謀本部；甚至草擬講稿的將領，為此也受到不少的責難。尤其是文稿中有「新的領導人」字眼出現，也居然成為攻擊軍系的藉口。理由是軍系自知「新的領導人」的出現，是否暗示軍系已知悉陳水扁會選？當然這些言語係屬情緒性的發洩，但從這裡也顯示，軍系對陳水扁的宣誓效忠，僅是「制度化」的服從，而非如對蔣氏父子的「忠誠效忠」。
這個現實，湯曜明明顯感受到軍系情緒反彈的壓力，為化解壓力，他一方面選擇赴外島視察戰備，一方面也指示各級部隊指揮官疏導軍隊的情緒。另外在三月二十日接受總政戰部建議，於陽明山召開「臨時高層會議」，以紓解軍系將領的不安氣氛。
對於陽明山的臨時會，外界有不同角度的報導，但究其實，這次會議並沒有明確的主題，完全是以談話會方式進行。會中軍系將領提出許多敏感的問題，如陳水扁肖像應否懸掛？反台獨教育是否持續？軍中如何貫徹思想教育？面對新的三軍統帥如何效忠問題？這些問題經過激烈的討論，並沒有確切的答案，而湯曜明所持的態度，是一切依法處理。
湯曜明喜歡聽負面言論
當然外界對於這場臨時會的召開，認為這是軍系「反台獨」批判大會，以湯曜明的身分實不該容許這些言論的出現。不過以湯曜明個性而言，既然是談話會就應多聽「負面言論」，才能對症下藥解決問題。基本上，湯曜明與外界接觸，都喜歡聽負面言論，只要舉證屬實，湯均會指示部屬進行查核；這是他的個性。所以陽明山上的反台獨批判大會，湯曜明位居參謀總長，理應聽取軍系將領不同意見，以紓解軍系不安的情緒
其實陽明山的會議，所談論的激烈話題，似乎不如聯參首長表達的強烈，但湯明秉於依法處理的原則，對陳水扁應有的尊重，軍系仍將奉行。如某位軍系將領曾當眾表示，「陳水扁過去經常辱罵軍中長官，今天我們為什麼不能批評他？」湯曜明的答覆很簡單，「你可以選立委，選上就有免責權」，令該將領為之語塞，從而化解軍系將領對元首不敬的批評。
軍系固然對陳水扁有所不滿，但陳水扁以唐飛組閣的消息傳出後，軍系對陳水扁的刻板印象已有調整的跡象，但對陳水扁獨派色彩的疑慮，並未完全消除。兼以軍系將領有些人認為，陳水扁的獨派色彩，已為台灣防務帶來沉重的負擔。如果要軍系將領為「台獨」而戰，可能有不少的將領被迫要在「台獨」與「退役」之間做抉擇。目前至少有十多位將領，以直接或間接的方式，表明退役的意願；顯示陳水扁在還未擔任三軍統帥前，即要接受意識形態的挑戰。這與十二年前李登輝的接班態勢有顯著的不同。如今陳水扁的主政，對於軍系的衝擊值得陳水扁與軍系深思。
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