雖然上過陽明山的新生訓練，也遞出了台南縣長的辭呈，但是在就任的前二十小時，內定國科會主委的陳唐山還是落跑了，成為台灣官場中唯一一位「尚未上台，先下台」的閣員。在台南縣素有「美國縣長」之稱的陳唐山，為政平穩，處事圓滑。這次因為代理縣長問題，卯上了陳水扁，原本要「以退為進」，最後卻變成「進退不得」，第一名縣長很紅，但是碰到第一名的總統，也得靠邊閃。惹毛陳水扁，六十五歲的陳唐山還有下一個機會嗎？惹毛陳唐山，下一次的縣長選舉，阿扁的故鄉還能保得住嗎？
因為台南縣代理縣長風波，陳唐山惹火了陳水扁，在就職前一天，新內閣馬上犯了兵家大忌，陣前換將，讓新內閣尚未開學，就有人演出「逃學威龍」。陳唐山讓陳水扁難堪，而陳水扁則讓陳唐山下不了台，台南縣在總統大選中，拿下了五成四的得票率，居全國之冠，照理來講，雙陳之間應該合作無間，不過，事實上，雙陳在選後爆發的衝突，正緣起於選前的心結。
從選前到選後 檢討陳唐山風浪從未停過
在民進黨的縣市長中，陳唐山的挺扁力道，一直備受質疑當初，陳唐山以行政中立為由，拒絕出任陳水扁台南縣競選總部主委，還讓黨主席林義雄二度登門請，才在選前十幾天，請辭縣選委會主委職位，挑起競選總部主委職位，甚至在選戰方酣階段，陳唐山還跑回美國家中度假，一度還傳出陳唐山的老婆不回台投票，引起了台南縣扁迷的不滿，最後，陳唐山才在選前一周，偕同老婆返台。美式作風的陳唐山認為，應該遵循民主國家行政中立的慣例，政黨分際的拿捏應該把持，不過，看在民進黨公職眼中，身為阿扁故鄉的父母官，陳唐山矜持「美國紳士」的作風，似乎太不上道，因此，從選前到選後，陳唐山被檢討的風浪就從未停歇。
陳唐山為什麼要與陳水扁保持似有若無的距離，與當時三分天下的膠著選情有關。在二十一個縣市中，陳唐山幾乎是少數受到扁、宋、連三方極力拉攏的縣市長。宋楚瑜曾經找他搭檔選副總統，而當初的國民黨主席李登輝每次看到他就會拉的他的手說，「這是第一名的縣長」，在這次總統大選中，陳唐山三方都吃得開，尤其陳唐山與宋楚瑜在省長期間建立起的深厚情誼，同樣留美的背景，讓宋楚瑜與陳唐山相當投緣，常常私下用英文交換心得，以宋楚瑜當初打的跨黨派的旗幟，宋楚瑜當選後，陳唐山必定是入閣人選。
不過，了解陳唐山的朋友分析，陳唐山看起來是三方壓寶，其實與他廣結善緣、化敵為友的政治性格有關。他不會與人結怨，也為自己留後路。六年前，陳唐山以美國航太博士的僑選立委身分，空降以農立縣的台南縣參選縣長，當選後，面對派系林立的台南縣政治生態，他只帶了王幸男擔任機要祕書，在他六年兩任縣長期間，他沒有主動更換過一位一級主管，當初他的對手酬庸到縣府工作，統籌選舉資源的一級主管，他也照樣留任，甚至有人一周只上一天班，他也睜一隻眼，閉一隻眼，有人稱讚他心胸寬大，不分黨派，但也有人認為他是和稀泥。
美國博士穿西裝戴斗乏指揮交通
剛上任時，陳唐山率先實行十五萬元以上公共工程，公開發包，杜絕工程關說，引起外界一陣叫好，但是他第一次到縣議會質詢，半個小時不到，被國民黨為主的縣議員轟了出來，不到一年他很快學習堅持原則與建設經費分配的平衡點，並找來縣議員出身的林文定當任副縣長，從此府會和諧，一團和氣。
這次總統大選，許多人抨擊陳唐山沒有全力幫阿扁造勢、拉抬，不過，陳唐山的友人則幫他辯解，陳唐山本來就是「無為而治」型的政治人物，不要說幫阿扁助選，連他自己的縣政治理，他都是充分授權，能省則省。陳唐山要求縣府一級主管呈上的公文，不能只蓋章，必須簽報意見，否則，要這麼多公務人員幹什麼？而他通常看完公文，就批ＯＫ兩字，有別制式公文的「如擬」，簡單明瞭，絕不拖泥帶水。
一位無為而治、只在公文上簽ＯＫ的縣長，有什麼魅力可以連任兩次滿意度最高的縣長？有人認為，陳唐山的運氣好，因為上任不久，南科就敲定在台南設廠，讓台南縣民對未來充滿希望，這些期待讓他在第二次連任時，囊括了超過七成的選票，幾乎成為他選舉的「護身符」。
除了為地方生計創造利多之外，陳唐山頂著美國博士的頭銜，但是施政卻相當平民、草根，他可以穿西裝、戴斗笠、講英文，這些東、西文化融合在他身上，讓台南鄉下的阿公、阿嬤相當新奇。他經常騎腳踏車出門買水果，交通尖峰時間，會在十字路口幫忙指揮交通，看到市場攤販的不乾淨，他會拍完告發照片後，再拿起掃帚清理乾淨，他不參加婚喪喜慶，以往假日官邸門庭若市的黑頭轎車與長吃飯的飯局不斷，他上任後，假日不應酬。有空時，他會跑到新營公園與老人對弊、喝茶，甚至跑到關仔嶺泡溫泉。
陳唐山的作風不但與以前的縣長不同，而且與民進黨縣市長也不太同。隔壁的高雄縣長余政憲把縣內的蔣公銅像拆除，集中保管，台南縣政府門前的蔣公銅像卻屹立不搖，台獨聯盟出身的陳唐山說「銅像也是歷史的一部分，要留給子孫知道」。而在主張環保優於經濟發展的民進黨中，陳唐山也是少數宣示自己不反商的政治人物，他主張開發濱南工業區，強調沒蓋美濃水庫，南科的水從哪裡來？他定期與南科的廠商聚餐，而台積電南科廠址動工時，張忠謀也特別找陳唐山來動土，而包括工業銀行總經理駱錦明、燁隆集團負責人林義守等人都是與陳唐山交情不錯的企業聞人，而打算在台南縣蓋七輕的東帝士集團總裁陳由豪，是王幸男的表姊夫，透過這層關係，陳由豪與陳唐山也有相當好的互動，陳唐山如果北上，幾乎都會去找陳由豪聊聊天。
論天時、論地利，陳水扁的當選，對面臨縣長屆滿的陳唐山而言都是轉業最佳契機，而當初陳唐山的第一志願是外交部長，但是未被扁陣營接受，後來又傳出可以考慮內政部長，但是最後卻是出現他從未想到的國科會主委，當時，傳出陳唐山要接任國科會主委時，他面對媒體的反應是「因為只剩下這個位子」，言下之意，頗為無奈。不過，陳水扁因為要安插陳唐山到國科會，引來學界與國科會內部反彈，連一向支持反對運動的澄社都發表反對將國科會主委酬庸，讓陳水扁相當難堪。
所以國科會主委的位子，陳水扁給得為難，陳唐山也坐得不舒服，如今因為代理縣長之爭，更是讓兩人撕破臉。陳水扁方面認為陳唐山擺譜，挑戰新總統權威，陳唐山方面則是認為陳水扁不給面子，連縣長指定人選的權力都沒有，任由吳淑珍介入人事案，由於台南縣是陳水扁與吳淑珍的故鄉，吳淑珍的哥哥吳景茂選舉時，待在地方操盤，對陳唐山的輔選態度了然於心，因此，吳淑珍會力挺蘇煥智，抵制陳唐山推薦的林文定。
在代理縣長的角力賽中，陳唐山顯然錯估形勢，與新總統唱反調的結果，讓事情回到原點，雙陳之間的破鏡難重圓，對於任期僅剩一年半的陳唐山而言，守著第一名縣長的桂冠，只是徒增傷悲，提早終結他的政治生命。不過，對陳水扁而，以快刀斬亂麻的方式草率處理代理縣長案，公開與陳唐山結下樑子，也為明年的縣長選舉，埋下紛爭的引線，如果陳唐山勢力反撲，明年的總統故鄉，民進黨可能選得比誰都辛苦。
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