受到經濟部作成停建核四的事件衝擊，「國安基金」決定適時進場護盤。不過，從最近喧騰多日的國安局出納組長劉冠軍洗錢疑案可以發現，屬於國安局業務經費的「國安基金」，其實早就已經進場了，雖然檢調專案小組目前初步只掌握到「國安基金」在今年三月至五月間趁著「萬點行情」大撈一票的相關事證，不過，據指出「基金」投入股市已行之多年，只是不少證據已經被銷毀。
原來劉冠軍是半個自己人
另類國安基金投入股市，少數國安局高層原以為神不知、鬼不覺，誰知道負責執行的上校出納組長劉冠軍在今年三月間，利用上尉組員陳珮玨、總務出納卓昶廷兩人的戶頭提領上千萬元現金，存入某銀行士林分行劉冠軍帳戶，被銀行懷疑兩人涉嫌洗錢，才呈報給調查局洗錢防制中心，由主任劉新太指揮調查了一個多月，查出劉冠軍私人及化名帳戶有巨額不明資金進出後，輾轉查出劉冠軍原來是「半個自己人」，所有留下的資料、聯絡電話，竟然是調查局的另一個上級單位國安局。由於劉冠軍相關帳戶進出的金額相當大，有心人士也就透過立委張清芳提出質詢，質疑劉冠軍的款項與總統大選有關，甚至出現劉冠軍替國內各大宗教團體洗錢的說法。由於涉嫌者都是軍人身分，國安局長丁渝洲一方面將案子交由軍事高檢署調查；另一方面，法務部長陳定南也指示檢方研究由無調查權。於是，全案就由調查局局本部指示台北市調查處社文組進行追查。
檢調專案人員表示，本案早在今年三月間就被查出有問題，但是國安局卻在四月二十五日對外表示「公款餘額未短少」，企圖粉飾太平。後來，經監察院於七月十四日找來當初調查本案的調查局洗錢防制中心主任劉新太等人，準備以行政調查的力量重新啟動該案時，原本打算在六月間提出退休的劉冠軍卻開始請兩個月長假，而國安局政風處也以「劉冠軍個人理財所得」，企圖包庇劉冠軍的不法行為，因此，不得不令人懷疑，劉冠軍案的涉案層級，可能不下於尹清楓命案。
國安局對外發布是劉家族理財所得
張清芳一再砲打，國安局私下的動作確實頻頻出現，六月間，國安局就二度以「辦案人員」的角色，前往包括宏福、日盛等多家證券公司調閱劉冠軍案的相關買賣資料，包括劉妻孟雯華、陳珮玨、卓昶廷等人的股市交易清單，甚至要求券商提出相關帳戶的買賣錄音帶。後來專案人員進行搜索，才發現不少證據都已經被銷毀，就連「誰」打電話買賣操盤，都已經沒有證據。而劉冠軍案就在國安局高層官員的包庇下，將卓昶廷、陳珮玨兩人和親友等二十餘個人頭戶進行洗錢，並以當日沖銷、放空多檔股票手法炒作股票。事後，劉冠軍將自股市獲利的資金，部分匯往他及妻子孟雯華的銀行帳戶，部分回補到國安局在農民銀行等多個工作帳戶內，以彌平虧空餘額。其中，國安局在今年三月間將三十億元經費由定存轉為甲存、匯入該局開設的工作帳戶過程中，劉冠軍就動手將定存解約轉存的時間拖了一、二十天，利用空檔挪用、侵占秘密經費，洗錢達五億餘元，並有部分款項轉匯至劉在農民銀行化名「劉治平」的帳戶。這麼嚴重的事件，卻在國安局對外發布這些可疑款項是「劉冠軍家族理財所得」之後，似乎暫告平息。而正當國安局長丁渝洲為了前人事處長潘希賢赴大陸經商一案被立法院「釘」得滿頭包，甚至有心求去的時候，國安局內部也傳出第一副局長韓●即將扶正的聲浪。
弊案延伸成人事角力戰？
整個事件的急轉彎，就在九月二十六日台北地檢署檢察官薛維平與軍事高檢署檢察官李榮元組成的專案小組，破天荒前往國安局進行搜索，並約談陳珮玨、卓昶廷與前國安局會計長徐炳強等人，但劉冠軍卻已不知去向，家人早在九月初離境，專案小組才發現「代誌大條」。其實，劉冠軍案演變至今，似乎已經成為國安體系元老級的副局長韓●與軍情局系統出身空降到國安系統的局長丁渝州之間的人事角力戰。
從媒體曝光的前國安局會計長徐炳強的筆錄中透露，國安局在今年三月期間的確把一筆近三十億元定存解約，轉為甲種支票存款的「工作帳戶」，這件事情只有「局長、會計長和劉冠軍」三個人知道。而整個事件的發展，包括筆錄曝光、劉冠軍的失蹤，都隱約透露出國安局內部派系運作的味道，而劉冠軍之所以被信任，主要還是因為岳父孟述美早年從軍團司令、憲兵司令等角色，一路就與國安局系統淵源深厚。
國安局第一副局長韓●是國安局的老三處，在國安局三十多年，而另外兩位副局長吳若華、黃磊都是負責電訊體系，在國安局的地位，論資歷與背景，其實都不及韓，因此，才會引發內鬥說。不過韓●已公開發表聲明，強調絕無內鬥情事，更不可能包庇犯罪。至於國安局從八十三年完成法治化之後，數十億元由編列在國內外高級布建、線民費等工作內容敏感的預算，一直只有少數人才知道運作過程。
劉冠軍案發生，國安局始終以「國家安全運作基金不便曝光」為由，企圖息事寧人，在台北地檢署與軍事高檢署、調查局等「外來單位」強力介入之後，才發現弊端重重，更離譜的是，屬於民脂民膏的國家安全運作基金，竟遭少數人挪用，介入股市，圖利少數人。以往，調查局曾經發生過多起調查員利用辦案時機放空股票，或與股市主力結合的案例。而不少與國安局高層接觸密切的人士也發現，國安局內部確實有不少人出入股市。其中，是否利用國安局特殊的角色，從事不法行為，恐怕只有如同行政院長唐飛的指示，依尹清楓命案的模式組成「特別偵查組」，才能查明真相。
