九月底宣布停建核四後，在經濟部內，林信義像是一座孤島，與其他經濟部官員隔絕，沒有人願意接近他，也沒有人肯真心為他的政策用心賣命。十一月二十日，能源會執行祕書陳昭義為停建核四而提出辭呈，正式引爆經濟部內的矛盾，繼陳昭義之後，傳言經濟部次長尹啟銘將是下一個被整肅的目標。
經濟部六樓的事經常有人透露出去
陳昭義是在十一月二十日下午親自帶著三封辭呈赴經濟部，辭呈是用經濟部信封密封，由於林信義不在，陳昭義於是到尹啟銘辦公室遞交辭呈，大約在三點左右，陳昭義親自將辭呈交給林義夫及部長室機要並離開經濟部。第二天中國時報在第六版以頭條處理這條新聞，但是有關新聞來源究竟是誰，差一點就把經濟部整個翻了過來。
根據撰寫這條新聞的中國時報記者陳述，陳昭義請辭一事，是報社主管在二十日晚間十點多告知他，並要求查證處理，這位記者曾向尹啟銘求證，不過尹要他自行問陳昭義。而在隔天，也就是二十一日中午林義夫邀請林信義、尹啟銘、陳瑞隆三位次長、主任祕書謝發達及部長室機要參事宋清國等共同在經濟部六樓吃中餐，中途陳昭義請辭案也被提出來討論，宋清國在此時突然說出一句：「經濟部六樓的事情常常有人會透露出去。」
宋清國的話語立刻引來尹啟銘的反擊，尹啟銘說：「XXX記者在前一天晚十一點多是有打電話問我，但我要他自己去問陳昭義。」尹啟銘的激烈反應在林信義出面打圓場下弭平，但事件並未因此結束。
林信義辦公室會為只有不超過五個人知道的請辭案消息立即外洩，感到如此重視，是冰凍三尺、日積月累而來。最主要的關鍵，是決定停建核四前幾次的祕密會議，雖然林信義三令五申不得外洩，但是會議內容甚至每個人的談話，在第二天的報紙上全部都可看到，林信義對此非常困擾，但始終找不到誰才是經濟部的大嘴巴，部長辦公室是否因此鎖定尹啟銘，外界不得而知，但二十一日的餐會是有點鴻門宴的味道。
林信義與部屬同床異夢
究竟是誰在二十日晚間打電話給中國時報主管告知陳昭義請辭一事，這個人現在已是經濟部六樓全力追查的藏鏡人。這位寫稿記者平日與林信義相處並不融洽，與林義夫也不熟稔，陳昭義自己不可能打電話到報社宣告辭職，則唯一的嫌疑只有尹啟銘及部長室接觸到辭呈公文的人。
尹啟銘宣稱當天陳昭義已用口頭對他談及辭職一事，辭呈他是連密封都沒打開，但是中國時報的報導，卻是詳細到連遣辭用字都知道，尹啟銘說到底是誰把辭職案告知報社，他也很有興趣想抽絲剝繭追查到底。
若用「草木皆兵、疑神疑鬼」來形容林信義在經濟部內的處境，應是滿傳神的。停建核四，使得林信義與整個經濟部中間隔著一條鴻溝，雙方都很難理會彼此心中的想法與未來的方向在哪裡。林信義長久浸淫企業經營，對工廠管理與成本控制自有一套過人之處，但是要扮演擘畫全國產業發展、能源供應、國營事業、專利商標、經貿投資的大型部會首長，若沒有這些行政體系的官員認真襄佐，就算林信義是三頭六臂也無法施展身手。
在停建核四正如火如荼推動時，面對遲遲找不到替代方案的經濟部及台電人員，林信義曾毫不客氣地大聲斥責「不要讓我感覺到你們總是在私底下反對我」，講的人火氣很大，在場聽的人也是滿肚子窩囊不服氣，以至於到現在林信義提出的核四替代方案還是一再被外界批評，就連陳昭義在辭呈提出後，也公開指稱替代方案的不可行。
下一個辭職的人是尹啟銘？
在停建核四之後，「水、電部長」是現在林信義的綽號，因此他的施政目標只有「水電不缺」，唯一懂的好像也只有水和電的業務，這是非常悲哀的一件事，過去因經營能力而備受推崇的專業經理人，如今卻因為領導能力與未能統御人心，身陷龐大的官僚體系當中無法自拔。
對政府的絕望與不滿，已從一般市井小民身上蔓延到經濟部的職員心中，呈現在外的是消極抵制與敷衍塞責，再加上不懂政務的首長，當前經濟部的業務幾乎呈現停滯狀態，不論是新能源的開發、水源供應、投資障礙的排除、國營事業的改革與民營化，還有入會後的產業因應措施等等。
這些迫在眉睫的問題唯一的反應就是兩手一攤，要不就是拿過去的舊方案出來搪塞，行政院副院長賴英照就曾不客氣地批評，經濟部提出的振興傳統產業方案「了無新意」，但是在經濟部官員的心中也有滿肚子的委屈，套句陳總統的話，「不然你要怎麼樣？」
在所有經濟部官員中，陳昭義是與林信義淵源最深的一位，可是陳昭義卻選擇辭職這種最激烈的表達方式，令林信義感到非常錯愕。先前已有經濟部祕書室主任郭勵誠辭職，接下來是誰，經濟部官員表示就算是尹啟銘提出辭呈，他們也不會意外，隨著這些國家花費十數年培育出來的人才一一求去，代表的是國力即將衰微，新政府想要有所作為，恐怕也是心有餘而力不足。
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