一邊是資源豐富的原委會和全國數一數二的大型律師事務所，一邊是身心受創的輻射屋居民和兼差的義務律師，使得這場官司從一開始就處於資源極度不對等的狀態。原委會不但重金禮聘大牌律師，在訴訟過程中也找了不少友好學者幫忙講話，其間甚至出現一份「輻射有極大防癌效果」 的奇特報告，令人瞠目結舌。
相對的，民生別墅以二十餘戶重度受災戶為主的五十餘位居民們，當年則找上了台灣人權促進會，結果由該會前後任會長邱晃泉、林峰正、張炳煌、魏千峰等四名義務律師幫居民打官司。八年來，這四位律師總共各收取了八萬元的費用。領銜打官司的原告王玉麟就說，這些律師拿的錢連車馬費都不夠，遑論其他文書資料支出。
一九九七年一審法官判決原委會敗訴，法官認為原委會早在八五年就知道民生別墅遭強烈汙染，且知道問題出在鋼筋，卻怠於執行保護人民的職務，使不知情的居民們多住了七、八年，應賠償居民損害總額達三千多萬元。上訴二審後，原委會改將主要論點放在輻射屋居民長期接受低劑量輻射，對健康不會有害。為此，原委會向法庭提出幾位專家證人，結果原告律師發現，這些學界人士長期以來都是原委會委託研究計畫的常客，而且專長在於核子工程等領域，並非醫學。
更怪誕的是，二審期間，一份由原委會補助經費、中華核生化汙染防護協會執行的研究報告出爐，內容竟然是「不待特別研究試驗，已能由簡單統計而知，輻射住戶癌症人數的減少，已成輻射有益健康的指標……」 ，甚至宣稱「一切慢性輻射，對人皆有益無害……今後國人應親近輻射……」 ，與衛生署委託台灣醫界聯盟基金會對民生別墅居民所做的健康調查結果大異其趣。
原告方面查出原委會補助二十餘萬元製作這份薄薄二十五頁的報告，並在法庭中提出質疑，不過這份結論超乎常識及醫界看法的驚人報告，原委會並不願多提。
原告律師邱晃泉表示，這是世界上第一次發現房屋材料可能帶來輻射汙染的案例，也是首件民眾長期住在輻射屋而遭到身心受損的案例，如果發生在別的國家，將是非常嚴重的事情，但是在台灣，卻好像沒什麼大不了，沒過幾年就會被山坡地開發災害等新聞取代，這反映了我們對生命權的不重視，以及對自己生活環境的不了解。
二審判決將不少原告的賠償金額提高，使原委會應賠償總額達五千七百多萬元。政府有關單位部分人員的失職換來了人民的損害及國庫的失血，類此教訓不斷發生，政府究竟學到了教訓沒有？
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