台大校長陳維昭對於政府在眷舍問題的處理上顯然很不滿意，否則他不會聯合十九所大學校長公然與政府對抗。據了解，眷舍爭議只是一個導火線，陳維昭真正的敵人其實是教育部。
一位不願表明身分的大學教授表示，陳維昭對教育部預算的分配，本來就有很大的歧異，再加上「高等教育審議委員會」的召開，更是讓陳維昭的忍耐到了極限。因為政大校長鄭瑞城名列高等教育審議委員，但是該委員會卻獨缺陳維昭，讓陳維昭感到有些不平。
不過，讓陳維昭更嘔的是，在李遠哲領軍之下，十九位委員中有十四位都是中研究院士，等於是把自己交給中研院士去「分配」，陳維昭當然很不是滋味。許許多多事情的累積，政府收回台大眷舍事件就成了引爆點。對於台大而言，這等於是政府給了糖吃，但是還沒吃到甜頭就要拿回去，陳維昭身為龍頭老大，這口氣一定嚥不下去。
外界臆測陳維昭帶頭抗爭是借題發揮，意不在替教授們要回房舍，而是替自己爭口氣。雖然台大總務長陳政川慎重地表示：「沒有這回事。」然而，以台大的情況來說，外界以及政府更關心的是，占有優勢資源的台大有沒有將校地做更有效的利用。如果台大只是不想原有的「茅坑」被占去，而和政府為敵，當然會有人質疑「台大不過是為了自己的私利」。
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