歷來海基會祕書長人選的決定，標誌著台灣對兩岸協商的風向球，不過這次海基會祕書長一職，人選至今在難產中，意味各方勢力角逐，讓執政當局左右為難。這樣的情況印證了前秘書長、現調任海巡署署長許惠祐的一句話，「民進黨政府玩兩岸問題到最後，將發現仍要從海基會開始。」
但問題是陸委會的兩位首長，主委吳昭燮與首席副主委邱太三，對於事務繁雜的陸委會仍處於新手上路階段，所以劉德勳以將近十年的陸委會功力，對吳邱兩人的助益極大，因此會否因此而留任陸委會仍在未定之數。
海基會祕書長一職，向來是兩岸接觸的第一線；決定人選的最終權力向來有二：一是海基會董事長辜振甫，但最後決定權仍在總統府，祕書長一職的人選同時也可略窺陳水扁總統與辜振甫的互動關係。
但據了解，年事已高的辜振甫，一直想要如何「榮退」交卸海基會董事長一職，在這樣的情況下，已經無意再表示祕書長人事意見了。
