初脫困境的陳水扁總統已決定在北、高兩市市長選舉後，進行內閣改組，隨即行政院長蘇貞昌也將孤獨地投入民進黨內的總統候選人初選；至於閣揆接任呼聲最高人選則是現任高雄市長葉菊蘭，兌現陳總統任內要提名首位女性閣揆的競選諾言。
緊繃之始 扁視察台北港 不見蘇作陪
儘管愛河畔的舞台上，陳總統還感性地引用本土詩人賴和的詩句：「夥伴們快點跟上一起前進，一起前進就會有力量。」但是舞台下的民進黨輔選核心，則紛紛輕聲討論，陳總統在北、高市長選後的內閣布局。
扁蘇關係緊繃，從十一月二十六日陳總統到台北縣視察蘇貞昌擔任縣長時期的重要建設台北港時，卻沒有看到蘇貞昌作陪，可略見端倪。當天蘇貞昌除了一大早送女兒到桃園機場之外，整個上午都沒有任何行程，阿扁參觀台北港，卻不邀蘇貞昌，顯見兩人心結之深。
民進黨內人士透露，陳總統已積極籌畫選後的人事布局，陳總統一邊向立法院長王金平釋放「蘇下王上」的善意，並一邊向黨內與親蘇立委溝通，試探黨內外對於聯合政府的接受度。
另一方面，鑑於北高選情仍難逆料，為了鞏固深綠基本盤，陳總統不排除邀高雄市代理市長葉菊蘭出任閣揆，實踐任內有女閣揆的政治承諾。
民進黨重要人士感慨地說：「蘇貞昌至少比謝長廷好，蘇貞昌是在農曆年前接閣揆，但謝長廷的任期竟然連一個農曆新年都沒撐住！」
跡象一 扁會王 暗示扁蘇不同道
其實，對自己的任期還能剩多久？蘇貞昌不僅心知肚明，早在三周前就有跡可循。
蘇內閣準備總辭的跡象之一，是十一月十六日的「扁王會」，身陷國務機要費案起訴風暴中的陳水扁總統約見立法院長王金平。據民進黨黨政高層透露，扁王兩人除了獲得首長特別費應該法制化的共識外，陳總統也「暗示」王金平，目前政局混亂，現任閣揆蘇貞昌與他的施政理念已經不同，且蘇貞昌也向他表明過辭意，在盱衡情勢之後，他已經「告知」蘇貞昌，北高市長選後閣揆將會換人。
蘇貞昌到立院備詢時坦承說，他對「扁王會」確實知情，但拒不透露是否「事先知情」，也不願證實親蘇立委事前獲得陳總統告知擬改組內閣一事。
儘管總統府與王金平都雙雙否認「扁王會」曾談到組閣，但民進黨內則開始充斥著蘇內閣即將總辭的耳語。
跡象二 勤跑基層 大送政策紅包
蘇揆準備請辭跡象之二，從十六日的「扁王會」後，蘇貞昌開始密集安排下鄉視察行程，三天兩頭便往基層跑，行程之密集，是他上任以來所罕見，蘇貞昌所到之處，也都送出大紅包。
蘇貞昌先是為爭議已久的蘇花高速公路解套，表態支持興建蘇花高，回到台北縣又是同意遷建土城看守所，又是宣布興建淡海輕軌電車，地方人士形容蘇貞昌就像個聖誕老公公，不同於他以往「要一塊給五毛」的作風。十一月三十日，蘇貞昌視察故鄉屏東縣時，屏東縣長曹啟鴻共提出四項共五億六千多萬元的補助項目，蘇貞昌還當面問曹啟鴻，「還有沒有？就這些了嗎？」蘇貞昌急切地想在短時間內，多留下一些政績。
十一月三十日立法院施政總質詢結束後，蘇貞昌發表感言，希望立法院讓以後的行政院長能坐著答詢，因為能當到這個位置的人，多少都有些年紀。
蘇貞昌說：「我撐過來了」，但是行政院長不是「儀隊的標兵」，他要為往後的閣揆爭取人權，不要一天站十幾個小時，希望以後改以其方式取代。
跡象三 為下任閣揆爭人權、謀福利
蘇揆的談話有如卸任閣揆的臨別感言，透露出他準備請辭跡象，這也讓新聞媒體急著繼續追問，卻遭到蘇揆隨扈們的阻擋，反而是蘇貞昌在上車前一度停下腳步，欲言又止。蘇貞昌的肢體語言透露著不尋常的訊息。
隨後在十二月初行政院一次跨部會議上，蘇揆要內政部半年內提出無障礙空間的檢討計畫，蘇貞昌更直接說：「也許半年後的閣揆就不是我了，但還是得全面推動，希望屆時還是我來聽簡報。」
十二月三日愛河牽手活動舉行前，蘇貞昌當天先帶著大病初癒的老母親蘇清蓮回到屏東，連拜五間廟宇，老母親還要求鄉親為蘇貞昌加油，讓屏東可以更發展。此外，蘇還刻意重回他二十六年前競選省議員的鳴槍起跑地，現場民眾大聲呼喊「蘇總統加油」，蘇貞昌也不避諱，更大剌剌的對支持民眾說：「欠我的選票有一天要還給我。」
其實早在九月十六日，蘇揆就已動了辭職的念頭。蘇揆幕僚指出，從擔任台北縣長時，蘇貞昌就有隨手記筆記的習慣，蘇貞昌在床頭會放一疊筆記紙，只要想到什麼事，便立即記下來作為備忘錄，「一張紙只記一件事」，要等到事件完全處理完畢才會丟棄。
獨派團體「台灣社」發動九一六凱道挺扁活動，企圖與九月九日民進黨前主席施明德發動的百萬人反貪腐行動別苗頭，選擇缺席的蘇貞昌派了辦公室主任吳祥榮和子弟兵、新聞局長鄭文燦前去捧場。令人遺憾的是，綠營的場子卻發生支持者毆打媒體從業人員的暴力事件。蘇貞昌一時百感交集寫下「辭職備忘錄」，記載執政點滴，並隨時有下台的準備，而這份辭職備忘錄後來卻成為國務機要費偵結後的院長辭呈。
事實上，從蘇貞昌上台後，扁蘇關係一直都是外界關切話題，而扁蘇矛盾更不曾停止。
據熟悉陳總統與蘇揆人士指出，行政院今年初決定增加大陸人士來台觀光人數名額，府院就不同調，當蘇揆決定大陸人士來台觀光人數時，國安會祕書長邱義仁曾突然到行政院拜會蘇貞昌，邱義仁奉命要勸阻蘇，但蘇反問，增加大陸人士來台觀光人數，對國安問題影響能有多大，但對刺激民間消費與經濟成長卻有助益，在蘇貞昌的堅持下，邱義仁才放棄阻止蘇。
蘇貞昌明白，不論選舉結果如何，閣揆職位的去留已非他能掌控。不論是勤走基層、大開政策支票，或是幫下任閣揆求情，蘇貞昌的大動作，已提前點燃二○○八年總統選戰戰火，至於選後閣揆職務，是去、是留，對蘇貞昌來說，早已不在他考慮的範圍內。但是，在民進黨內代表兩岸經貿開放的「蘇修」路線，恐怕又將半途而廢了！
