教育部長杜正勝在民進黨執政七年期間，財產多以現金申報，創造「清官」形象。但一場故宮正館擴建工程醜聞案，毀了前院長石守謙的清譽，也讓新任閣揆張俊雄背上禍首源頭的黑鍋，這一切都從杜正勝用錯了前故宮主任祕書薛飛源開始。
二○○○年五月，民進黨首次執政，原本擔任中央研究院歷史語言研究所所長的杜正勝，被任命為故宮博物院院長。
杜正勝帶著自己的心腹、史語所行政室主任王文陸走馬上任，同時又將自己的同鄉兼鄰居、法務部總務司長薛飛源找來當他的主任祕書；直到二○○四年五月，杜正勝帶著王文陸到教育部，留下薛飛源在故宮。
任職法務部時就爭議不斷
薛飛源過去一直在法務部總務司服務，直到廖正豪接掌法務部長後，被拔擢為總務司長。薛飛源任內有關法務部與所屬機關採購案件上，針對他的檢舉函不斷；但因薛飛源是廖正豪一手提拔，讓政風單位處理上相當棘手，也讓外界批評薛飛源是廖正豪用人的一大敗筆。
薛飛源為人現實，當時廖正豪早上請辭部長獲准，薛飛源中午就走進部長室對著機要人員喊著：城部長（前司法院副院長城仲模）明天就要搬進來，你們今天一定要將部長室淨空。廖正豪的機要人員於是拜託薛飛源，念在昔日都曾被廖正豪所提拔的情面上，由總務司派工友、司機一起幫忙清空廖正豪的文書資料，但薛飛源則回一句，「工友、司機都有事做，沒空！」
薛飛源後來歷經城仲模、葉金鳳兩任法務部長，也都穩住總務司長的位置，直到二○○○年五月，已故法務部長陳定南即將就任，薛飛源趕忙從法務部轉到故宮。當時法務部官員都以為薛飛源調職只是要躲陳定南，卻沒想到薛飛源竟然是搭上杜正勝的關係，升官到故宮，當上杜正勝的主任祕書。
杜正勝上任後，正巧接手前院長秦孝儀留下的故宮正館第五期擴建工程，於是任命當時的副院長石守謙擔任召集人。石守謙並不熟悉工程招標作業，薛飛源因也是整建工程評選委員，又曾擔任法務部總務司長，於是總綰擴建案的大小事務。
擴建工程主分設計監造、營建、展示櫃三個標案。其中，設計監造、營建是在杜正勝任內完成，並由建築師羅興華得標。
但故宮第一次僅公告二五○萬元的前期規畫案，後來以後續擴充的理由，將一三三○萬元的設計監造標與前期規畫案，一起以限制性招標方式，直接與羅興華議約。故宮的作法形成當時投標的建築師，第一次只看到二五○萬元的前期規畫案，卻未注意到故宮第二次公告時，已將一三三○萬元的設計監造標納入。包括現任工程會副主委陳柏森，當年也曾參與故宮正館擴建案的競標但落選。
陳柏森就曾表示，當時是二五○萬元的故宮規畫案，他完全不知道後面還有一三三○萬元的設計監造標，與三億元的整修工程。而建築師羅興華得標後，故宮又辦理工程變更，追加預算，將擴建工程案由三億多元一路追加到八億多元。
但捲入故宮弊案的建築師羅興華卻發表聲明指出，故宮工程預算追加，是當時行政院長張俊雄來故宮巡視時，指示故宮應力求全面改善，以符合現行建築及消防法令，致使預算增加，預算變更皆「依法辦理」。
羅興華拿剛就任行政院長的張俊雄當擋箭牌，讓張俊雄氣在心裡口難開，因為當年張俊雄去視察故宮，對故宮預算需求相當支持，如今卻變成追加預算的藉口，顏面無光。
但羅興華將責任推給剛組閣的張俊雄，卻不能保證他平安無事。檢調單位明白指出，擴建工程圖利案的關鍵，是薛飛源幫了羅興華；同時表示，雖然目前未對羅興華限制出境，但專案小組已掌握羅興華的相關事證。
人脈廣 檢調務求一擊中的
因此當原法務部檢察司長蔡清祥接掌士林地檢署檢察長後，對於檢調專案小組偵辦薛飛源涉及故宮弊案時，蔡清祥要求專案小組要一擊中的，否則以薛飛源在司法界的人脈淵源，要再抓他就不容易了。
檢調單位在調閱故宮擴建案歷次追加工程款的相關文件時卻發現，每次追加工程項目彼此間缺乏設計上的一致性。檢調舉例指出，故宮在辦理館區耐震工程追加預算，以及辦理正館動線結構規畫費，這兩者沒有關聯性，卻綁在一起。而這些決策過程，又以薛飛源為關鍵。
檢調單位表示，薛飛源對於擴建案歷次追加工程預算，及採用限制性招標的理由與決策過程一直避重就輕，因此檢方才會向士林地院聲請羈押禁見獲准。
故宮弊案共橫跨兩位院長任期，一是杜正勝，一是石守謙。雖然檢方曾向士林地院聲請羈押石守謙，但最後法院認為石守謙涉案情節不重，連他任內的總務室主任葉張繼都獲飭回，他的主任祕書劉昌信則未被檢調約談。因此整個故宮弊案的偵辦重心，都在杜正勝當院長任內。
檢調指出，薛飛源以主任祕書身分兼評選委員會的內部委員，主導委員會討論的方向和決議，並且懷疑在薛飛源背後還有個藏鏡人在下指導棋。專案小組目前將釐清，當時是杜正勝透過薛飛源影響評選委員會的運作；或是薛飛源利用杜正勝、石守謙對工程招標認識不足而拿著雞毛當令箭，掀起這場風波。
晚清文人劉鶚所著的《老殘遊記》曾寫道：「贓官可恨，人人知之，清官尤可恨，人多不知。蓋贓官自知有病，不敢公然為非；清官則自以為不要錢，何所不可？剛愎自用，小則殺人，大則誤國……。」反觀今日的教育部長杜正勝的處境，不正是有相似之處。
