在食安風暴中，相關單位屢次拒絕提供資料給立委，但法務部認為，《個資法》並不適用於公司法人。在法務部發表意見後，未來衛福部、農委會恐不宜再阻礙立委調閱資料。
接連幾次食安風暴後，台灣社會驚覺食品源頭追溯、海關稽查漏洞百出，亟須「補破網」的當下，政府竟又以《個人資料保護法》、《關稅法》為由，拒絕立委索取可疑廠商的相關資料，讓追查黑心廠商工作難上加難。
立委林淑芬調查黑心食品時，便曾經這樣被「卡住」。二○一三年底，富味鄉油品混摻棉籽油案中，農委會便以「個資保密問題」為由，拒絕提供資料；一四年十月的頂新工業用油、越南大幸福油品案中，衛福部食藥署也同樣搬出《個資法》，拒絕提供進口可疑油品貨號、清單。
對此，法務部在十月六日向立法院社福及衛環委員會提出專案報告，對於農委會、食藥署的作法，顯有不同意見。
法務部認為，《個資法》規範僅保護個人，並不包含公司法人，只要將「進口人之個人資料」遮掩即可；立委索取相關資料，乃是「為落實民意機關之監督…符合為增進公共利益，並無違反《個資法》。」
成立調閱委員會 門檻過高
成立調閱委員會 門檻過高
除了《個資法》之外，在頂新案中備受矚目的海關資訊揭露問題，關務署一貫的說法都是，「請立法院成立調閱委員會並經院會同意才能提供資料」。根據《關稅法》第十二條規定，海關人員對於進出口廠商資料負有保密義務，但若是「依法得向海關要求提供報關資料之機關」，便有權索取相關資料。法務部認為，立院委員會以決議方式，要求提供統計資料，而不洩漏納稅義務人、貨物輸出人之姓名或名稱，便不違反《關稅法》。
關務署在《今周刊》詢問也強調，可以提供資料給立法院調閱委員會；但若是個別委員索取資料，仍須依法拒絕。此一說法乍聽之下合理，實際上卻困難重重。
一四年九月，民進黨團一度要求立法院成立院級食安調閱委員會，國民黨團卻堅持須等朝野協商，故遲未成立；如此一來，在野黨立委於十月初追查頂新案時，便再度陷入困境中。未來《關稅法》該如何在廠商資料保護、食品安全稽查與海關保密義務之間取得平衡，還需須相關單位盡快研議，取得共識。
儘管《關稅法》部分還待討論，但《個資法》顯然就清楚多了。嫺熟政府法務的律師指出，《個資法》主管機關是法務部，相關行政單位應尊重法務部解釋，恐不宜再以此為由，拒絕提供相關廠商資料。
