也許大家還記憶猶新，去年初，立法院一度凍結中研院高達四十五億元以上的年度預算，引起中研院員工強烈反彈，立院此舉主要是針對李遠哲在預算審查期間，未預先告知立院卻貿然出國所致，當時李遠哲就是要到美國去找陳垣崇。為了找陳垣崇回來做生命科學研究，預算白白地被凍結一段時間，付出的代價頗高。
陳垣崇開玩笑地說：「我就是害李遠哲預算被刪的那個人啦！」
陳垣崇離開美國優渥的職位回到中研院，主要任務是執行基因醫療大計劃，成立基因型鑑定中心，該研發團隊人員約四十幾人。其實，李遠哲如此重用他是有原因的。陳垣崇一直在研究與疾病有關的基因，是世界研究醣類代謝疾病的權威。他的功績包括：是世界第一位在醣類貯存疾病以玉米粉治療低血糖的發現者，同時也是第一位鑑定第三型醣類基因及其遺傳機制的發現者。
另外，在國內生技界造成轟動的中研院與全球頂級大藥廠葛蘭素史克的合作案，陳垣崇則是背後重要的推手。陳垣崇與該藥廠的資深副總裁羅賽斯( ALLEN ROSE )曾是杜克大學的同儕，雙方熟識二十年之久，深厚的友誼及互信造就了這一段跨國合作的佳事。
提起該合作案，陳垣崇認為主要在於引進基因體、蛋白質體以及生物資訊領域的最先進技術，可藉此幫助國內基因醫學研究人員迅速找到致病基因。中研院可藉此合作案，得到葛蘭素史克基因醫藥研究的技術，同時也可激勵台灣的研究人員與時間賽跑，與世界各大學、研究機構、生技產藥及大藥廠的頂尖高手一較高下。透過此次獲得世界大廠的青睞，可藉以提升台灣在基因醫藥的研發能力及提升台灣國際上的形象，同時也讓全世界其他大廠看到台灣在生技上的努力，將是此合作案帶給台灣最大的效益，他說：「這是用錢也買不到的。」
陳垣崇偷偷透露，回台後曾經跟李遠哲一同拜會總統陳水扁，談談生命科學對未來世界的影響，及現在各國發展生技的進度，在當時，陳水扁雖然不太聽得懂其專業方面的東西，但卻很支持，很放心交給李遠哲去做，也期許台灣能在生技產業上做出一點成績。
畢竟是為人父的陳垣崇，口氣中依舊放不下遠在美國的兩個孩子，原本他是希望小孩大學畢業後再回台任職，不過，由於生技產業是一個與時間競跑的產業，許多先進國家都如火如荼地進行，不允許再多躊躇兩年，因此，只好先與太太回國，讓兩個小孩自行在美國完成大學學業嘍！
