儘管大陸非國有經濟在整體國民經濟體系中扮演的角色日益吃重，但幾十年計畫經濟給管理當局留下的一個沉重包袱，就是仍不能正確面對非國有經濟的崛起，二○○一年，中共將私有經濟定位為「有中國特色社會主義事業的建設者」，算是從名義上為非國有經濟正名，但在實際上，非國有經濟仍然面臨重重阻力和難以掙脫的困境。
首先是國家政策方面，對非國有經濟有種種限制，以私有企業的外貿出口為例，私企獲得外貿經營權的標準一九九八年高達八五○萬美元（註冊資金），儘管這一標準至二○○一年降為三○○萬美元，仍遠遠高於國企；關於配額商品的經營權，當局規定依據前三年該企業的經營業績發放，這對於剛剛被允許進入外貿領域的私企來說，是高不可攀的門檻；至於極為重要的兩項外貿權｜｜對外勞務合作和工程承包權，則至今仍未對私企開放。此外，當局至今對非國有經濟在融資方面還沒有種種高於國企的標準，使融資渠道不暢通，成為非國有經濟發展的瓶頸。
更令非國有經濟不堪重負的是苛捐雜稅。私營企業政治上沒有地位，但在各級地方政府眼裡卻是「唐僧肉」，層層都想咬一口。舉例來說，徵集水利建設的專項基金標準，對於國有、集體三資企業，都按營業額或銷售額的二％徵集；而個體、私營企業卻一律要求按三％徵集。國有、集體企業用於技術開發的費用，國家規定可按一定比率抵扣當年稅款，但這一稅收優惠私營企業卻享受不到。
前不久轟動一時的劉曉慶偷漏稅一案，也可以折射出非國有經濟的困境。事實上朱鎔基上任十幾年來，外界已看出他真正情有獨鍾的仍是以國有企業為主的計畫經濟，他採取的所謂「宏觀調控」等鐵腕措施，也是以計畫經濟的傳統思路出發的。此次以劉曉慶「殺雞儆猴」就是由朱鎔基主導，矛頭擺明是指向非國有經濟。中國稅收收入大量流失確是實情，但龐大的國有經濟連年虧損導致的稅收流失才是重點所在。朱鎔基當年發誓三年改善國有企業，結果竹籃子打水｜｜一場空。他不思自責，反遷怒於私營企業主，難怪企業界對劉曉慶一案頗有微詞，認為朱已經江郎才盡。也有企業家指出，將私人開支打入企業成本，對私營企業來講很正常也不違法，這種現象在國企中也所在多有，對私營企業主既徵企業所得稅又收個人所得稅，擺明了就是對非國有經濟的歧視行為。
非國有經濟一方面不斷壯大，另一方面又面臨阻力，這使得不少私營企業家對政策缺乏信心，對前途有不確定感。他們中不少人給自己的企業貼上一個「集體企業」的標籤，或轉移資產，或申請綠卡和移民。缺乏信心使非國有經濟成長受到威脅，受影響的是整個國民生產總值。這大概也是江澤民的「三個代表」主張私營企業家可以入黨的原因之一吧。這種安撫能有多大效用，還有待觀察。
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