喪失舞台的海基會，近兩年境況頗為不順，不但英雄無用武之地，現在還得蝕老本才能存活；回想兩岸會談風光時期，海基會人大有時不我予的無奈之感。
如果不是上海台商宋鈺一家的滅門血案，海基會就像是一個被遺忘的單位，逐漸淡出舞台。這個政府授權與中國大陸談判的機構，一度是國內外媒體競相追逐報導的焦點。但在兩岸協商大門關閉之後，海基會功能即告萎縮。
好在承辦兩岸文書驗證的獨家代理權，讓海基會不致英雄無用武之地。然而，近年台灣經濟景氣跌到谷底，利率一降再降，海基會現又面臨孳息不夠花用的窘境，只得開始啃蝕老本，境況之慘，讓海基會員工不禁心生「時不我予」之感。
九○年十一月成立的海基會，其經費來源，原本構想分別由政府出資十六億元及民間籌措十六億元，總共三十二億元組成；其中政府的十六億元陸續在六年內撥款完成，但民間捐款卻一直波折起伏，原先答應出資的企業財團紛紛跳票，最後僅僅入庫五億多元，因此海基會實際可供運用的經費約在二十一億四千萬元左右。
景氣好銀行利率孳息 投資股市獲利二億
接受政府委託負有與對岸溝通協商任務的海基會，在各項人事及經費上採高規格編制，雖然每年編列將近二億元的預算，這在國內經濟景氣時，光靠銀行年利率八％的孳息，就足以應付六到七成的開銷。
海基會歷經陳長文、陳榮傑、邱進益、焦仁和、許惠祐五任秘書長，其中焦仁和（一九九三年十二月至九八年二月）在位時正逢台灣股市萬點行情，當時海基會經費運用自如、各級員額滿編，稱得上是海基會最為風光的時代；續任的許惠祐主掌海基會期間，因遇到了九二一大地震，股市一度受挫，但隨後靠著二○○○年總統大選升溫，股市再次回溫，據稱海基會當時投資股市獲利就高達二億多元。
景氣壞利率調降 股市低迷年年虧一億
不過近年來台灣經濟衰退，銀行利率不斷調降，原本年利率有八％的額度，目前只剩下不到二％，導致以孳息為主的海基會單是利息所得就短少近一億元，出現入不敷出的窘境；時機歹歹，海基會期盼從投資股市開源，由副秘書長詹志宏擔任彈性基金運用小組召集人，並交由元大、元富、復華三家證券公司以投資績效比輪番操盤。
許惠祐說，海基會進出股市採穩健作風，投資標的不趨向高風險，避免衝過頭，並再三強調尊重專業經理人的判斷。無奈股市持續低迷不振，獲利空間有限，讓海基會不得不開始吃老本，這兩年每年都將近虧損一億元台幣。
海基會也祭出了節流方案，配合公務員的薪資調整，去年起即不再支應生活津貼及交通津貼，同時職員遇缺不補，海基會主任秘書黃玉霖借調期滿，返回中山大學任教後，目前主秘一職仍在懸缺之中；海基會精簡人事薪資的結果，初步估計，一年可減少約六百萬元的人事成本。據了解，海基會每年人事開銷就高達一億元，由於員工薪資「基數」較高，每年又比照公務員的職級升等制度，因此雖然人事緊縮，但薪資預算仍不斷上揚。
海基會主管級的薪水平均多出陸委會同級官員的二○％，經常讓直屬的行政院陸委會官員羨慕不已。以海陸兩會的首長月薪來看，陸委會主委蔡英文的月薪約十七萬元，而許惠祐的月薪則多出三萬元，約為二十萬，平均高出六分之一左右。
陸委會向來就是中央政府的「窮部會」，一年預算編列約在五、六億間，但卻管了兩個「富單位」——海基會和香港事務局。海基會因有談判業務需求，預算有一定數額，而香港事務局的經費編列更是足足佔了陸委會的三分之一。只是海基會員工對於陸委會的稱羨相當不以為然，「公務員的福利好比我們好多了，而且海基會薪水高也只在主管階層，一般員工並沒有比陸委會同級的官員好。」
兩岸溝通最前線 宏泰世紀當門面
至於海基會位於民生東路、敦化北路口的宏泰世紀大樓會址，稱得上是台北A級的辦公商業大樓，海基會在此租用大樓十七層和十六層的一半，每月租金及管理費用將近二五○萬，一年要三千萬台幣，因此常被外界作文章，許惠祐對此不免感慨地說，「我們也很希望政府能幫海基會找到合適的場所，並非一定要待在這裡不走。」
據了解，海基會董事長辜振甫私下曾經表示，海基會作為兩岸交流溝通的第一線，經常接待來訪的大陸客人與國際間關心兩岸議題的政界人士，「門面總不能太差」；相較與海基會對口談判的大陸海協會，租用北京海淀區的三星級的裕龍大酒店作為辦公處所，其狹小的門面就經常被譏評有點不夠稱頭。也因為這句話，同時也為保有海基會的民間屬性，讓陸委會打消了原本要和海基會「合署辦公」的念頭。
無法履行協商功能，現又面臨財務壓力，海基會這一兩年相當低調行事，能不曝光就不曝光，若非上海發生台商滅門血案，海基會幾乎已在媒體鎂光燈下消失，相較以往充當兩岸議題急先鋒的表現，海基會如今的處境，確實顯得有些落寞。
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