政府籌設直接隸屬於行政院的「海岸巡防總署」，初步決定將採雙軌指揮體系。其組織架構是以軍方的海巡部為主，將內政部警政署水上警察局，四個港警所，各縣市漁港安檢單位，及財政部關稅總局部分單位併編，以收事權統一的效果。除水上警察局單獨規畫為「海上巡防署」外，總署之下再設北、中、南、東等四個地區巡防署。據參與規畫人士指出，為兼顧國防部、財政部及內政部三個單位的要求，整個組織將大幅膨脹，例如內勤幕僚單位改設五個司、五個處及二個室，處室之下再設二十七個組，預算也勢必大幅增加，這一如同﹁酷斯拉﹂的海岸巡防總署如貿然成立，在不同機關文化及隸屬背景下，問題必然叢生，難以發揮統合力量。
日期：1999-04-15
