中央流行疫情指揮中心25日宣布，為有效利用武漢肺炎疫苗，當日最後一瓶開瓶剩餘劑量將開放18歲以上成人候補接種，可由接種單位規劃候補名單機制，但很多基層反映沒有做好配套，系統不健全，引發混亂。另外，想打殘劑的人是否可跨縣市預約？還是一定要以居住地或戶籍地為主？指揮官陳時中表示，預約的方式將由地方政府或透過鄰里長進行通知或預約，也就是說會交給地方政府來全權處理，會再跟地方政府問問實際執行時有哪些困難，一起解決。
日期：2021-06-26
國內確診今（26）日新增78例本土病例，其中，新北市新增確診36例最多，截至26日，新北累計確診6368人。新北市長侯友宜於下午記者會表示，新北屠宰場「家禽運銷合作社」確診案，523人快篩，21人快篩陽性、19名PCR確診；針對Delta變種病毒入侵台灣，則呼籲中央應「阻絕境外」，各國入境者都須採檢兩次。
日期：2021-06-26
中央流行疫情指揮中心今(26)日公布國內新增78例為本土個案，死亡案例則有13例。由於屏東自秘魯返台祖孫確診感染印度Delta病毒，加上後續接觸者有12人群聚事件，今日病毒基因定序結果出爐，其中6例經基因定序後，均為Delta印度變異株。
日期：2021-06-26
全台受到疫情的衝擊，三級警戒再度延長到7月12日，不少攤商、店家生計頓時陷入困境，新北市永和區樂華夜市自治會表示，7月起恢復營業，但為了配合政府防疫，餐點僅限外帶。
日期：2021-06-26
中央流行疫情指揮中心今（25）日表示，屏東1對自秘魯返國的確診祖孫，證實感染新冠病毒Delta變異株，等同宣告，這種傳染性更強的變種病毒，已入侵台灣，使防疫面臨嚴峻考驗。
日期：2021-06-25
北農群聚感染風波持續延燒，為了遏止疫情持續、感染範圍擴大，經中央流行疫情指揮中心與雙北市府討論後，正式於6月24日成立專案小組。指揮中心加強3大措施，包括台北市第一果菜批發市場和環南市場須進行全員採檢等。
日期：2021-06-25
國內實施新冠肺炎3級警戒確定延長至7月12日，何時才能解封引發國內關注。中央流行疫情指揮中心連日本土確診人數降至百人以下，昨（22）日確診死亡首度降至個位數，是否意味著疫情受到控制？台大公共衛生學院教授陳秀熙提出國內防疫3大科學關鍵證據，建議應降為「2.5級」，從戶外活動開始，戴口罩及保持社交距離，解禁10人聚會，餐廳有人流管制開放內用，恢復部分庶民經濟活動。
日期：2021-06-23
中央流行疫情指揮中心今(23)日表示，針對臺北農產運銷公司發生COVID-19群聚感染事件，指揮中心於昨(22)日召開會議，與農委會、臺北市政府、臺北農產運銷公司共同討論疫情狀況並研商「市場專案」強化相關防疫作為，積極協助地方政府及廠商進行防疫，避免感染擴大。
日期：2021-06-23
中央流行疫情指揮中心今（23）日公布國內新增104例COVID-19確定病例，均例為本土個案。另確診個案中新增24例死亡。
日期：2021-06-23
北農近期爆出嚴重群聚感染，截至目前，已多達54人確診。對此，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中今（23）日清晨偕同醫福會執行長王必勝、農委會主委陳吉仲，視察雙北4座果菜批發市場。
日期：2021-06-23
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