在行政院宣布10月13日開放國門後，中央流行疫情指揮中心是否退場的問題也受到廣泛議論，對此，衛福部長薛瑞元今（1）日表示，指揮中心是否裁撤要看疫情發展狀況，更何況現行的很多指引、命令還有藥品、疫苗、快篩EUA（緊急使用授權）等，都和指揮中心掛在一起，因此若是指揮中心被裁撤，相關的疫苗、藥品等全都必須銷毀，所以存續與否要好好考慮。
日期：2022-10-01
國內確診者「7+7」檢疫規定有望調整，行政院首席防疫顧問、指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳接受自由時報「官我什麼事」專訪，透露考慮滿5天篩檢陰性就解隔，後7天自主健康管理也可以取消聚餐、聚會禁令。對此，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞今在疫情記者會上表示，本周專家會議討論，後7天有必要調整，後7天會用一次快篩陰性來做提前解除，最快下周公布並施行。至於前7天修改方向，正在討論尚未有定論。
日期：2022-09-30
流感高峰即將來臨，中央流行疫情指揮中心週三(9/28)宣布，今年度公費流感疫苗分2階段開打，第1階段於10月1日起接種，第2階段自11月1日開始；此外，因應Omicron疫情及邊境逐步開放後可能的衝擊，10月3日起，開放第2階段對象追加接種Moderna次世代雙價疫苗。
日期：2022-09-28
日本首相岸田文雄昨（9/22）日晚間宣布，從10/11起，日本將放寬邊境措施，解除個人旅行禁令、取消單日入境人數上限，全力支援旅遊業以刺激日本觀光經濟。這代表從10/11起，日本重新開放海外旅客自由行，同時恢復免簽證，目前每日入境人數上限也不限於5萬人。消息一出，受疫情影響許久沒出國玩的民眾，都相當興奮。
日期：2022-09-23
中央流行疫情指揮中心週四(9/22)宣布，9月29日起取消入境機場唾液PCR檢測、入境檢疫「3+4」全程可一人一室，最快10月13日入境檢疫改為「0+7」。指揮官王必勝表示，目前看來疫情已過高峰，是否「向下」還要再觀察一週，若持續向下，就可以公告「0+7」措施。王必勝表示，上午行政院會通過，今天宣布後，下周四開始實施的內容包括：每周入境人數由5萬升高至6萬、入境者居家檢疫可全程「一人一室」、取消機場唾液PCR改為發放4劑快篩。衛福部也同步公布入境後7天自主防疫的10大指引，根據規定，自主防疫期間外出需有兩日內快篩陰性證明，上班、上課仍須全程佩戴口罩，但可以外食，禁止前往醫療院所、長照機構，並要避免接觸長者、幼童、免疫不全及免疫力低下者等高風險對象。
日期：2022-09-22
台灣入境檢疫措施自9/1起，維持3天居家檢疫及4天自主防疫(3+4)，後4天自主防疫檢疫處所調整為「1人1室」，但前3天依舊維持「符合1人1戶條件之自宅或親友住所」或「防疫旅宿」，對比其他國家管制仍屬嚴格。不少民眾都在問，到底台灣何時才要開放，真正能出國旅遊、返台免除隔離？有關台灣邊境管制，行政院週四(9/22)拍板分兩階段鬆綁。第一階段從9/29起，入境總量提升至每週6萬人次，恢復各國互惠免簽證，入境唾液PCR改發放4劑快篩試劑，開放3天檢疫及4天自主防疫處所為1人1室。第二階段規劃增加入境總量，蘇貞昌預估在10/13前後實施，每周入境15萬人，並開放0+7入境免居檢。
日期：2022-09-22
日本最快本周宣布進一步放寬國境，包括可能取消入境人數限制與個人旅行禁令，意即允許自由行，反觀台灣入境檢疫依舊嚴格，維持3天居家檢疫及4天自主防疫(3+4)，雖然後4天調整為「1人1室」，但前3天依舊是「自宅1人1戶」或「防疫旅宿」，對比其他國家管制仍屬嚴格。指揮中心發言人莊人祥周四(9/15)表示，「0+7」實施日程，等疫情達高峰明顯下降後才會實施，10月份有機會，但月初就開放的可能性比較低。中央流行疫情指揮中心指揮官王必勝周二（9/13）表示，台灣策略也差不多跟日本一樣一步步穩健開放，也會進一步恢復其他互惠免簽國家，包括日本。他說，目前BA.5疫情還在上升，本周很關鍵，9月下旬是否達高峰也是觀察重點之一，不過指揮中心會規劃邊境解封事宜，包括討論機場篩檢取消後的替代方案，以及未來入境總量管制數量和自主防疫調整，還有恢復互惠國免簽、旅行團開放入境居檢等。王必勝也提到，為了怕排擠台灣醫療量能，會等疫情高點往下翻轉後，才會大幅開放，「但不會等到明年農曆春節那麼久，希望9月下旬到10月初能有些進展，要看現實狀況。
日期：2022-09-15
BA.5疫情升溫，中央流行疫情指揮中心估計，中秋連假之後，單日本土確診案例恐從3萬多例增至6萬多例。為了增加保護力，指揮中心已採購莫德納次世代疫苗因應，且宣布開放18歲以上成人施打。什麼是次世代疫苗？誰應該接種？新冠疫苗要打到何時？元氣網為大家請教專家與指揮中心解惑。
日期：2022-09-15
中央流行疫情指揮中心今（9/14）日公布新增49540例本土個案，另增168例境外移入和37例死亡。本土個案以新北10635例最多，其次依序為台中6452例、台北5853例、桃園5453例、高雄4061例、台南2865例。
日期：2022-09-14
台灣本土疫情升溫，今（9/7）日本土確診人數已經升破4萬、新增26例死亡個案。由於莫德納次世代BA.1雙價疫苗即將到貨，預計9月下旬就能開打，但仍有許多人想等更新的BA.5雙價疫苗，讓指揮官王必勝強調，BA.1雙價疫苗「它並不是舊產品，它是一個有效、最新的產品」，也向民眾進一步說明，這2種疫苗效果及供貨、接種時程。
日期：2022-09-07
