陳水扁與唐飛在參謀總長湯曜明婉拒出任國防部長後，基於軍系人事穩定及國防業務接續的考量，幾經折衝終於選任伍世文由國防部副部長直升部長。陳、唐的這項人事安排，對軍系與伍世文而言，是則意外的規畫，顯示伍世文的內升頗有內情。
而湯曜明是所有部長人選中最年輕的一位，理應是人選之一。然而基於國防二法的推動，及軍中人事安定的考慮，湯堅辭部長職位，可說是心意已定。在此情勢下，陳水扁為示重視「三軍平衡」，有意從海軍將領中選任部長。而海軍最有資望的將領，僅有莊銘耀、顧崇廉和伍世文。由於莊、顧二人一有尹清楓案的糾纏；一有拉法葉戰艦的事故纏身，兼以年齡過大和與軍系脫節過久，並未列於陳、唐積極規畫中，致與部長職位擦肩而過。於是伍世文的出線機率，即浮出檯面。
相對於唐飛規劃的人選，目標鎖定在湯曜明身上。然而在湯曜明婉拒後，唐飛所規畫的人選一是出身台藉的前空軍總司令、駐泰代表黃顯榮，一是曾任副手的三軍大學校長夏瀛洲。由於黃、夏均出身空軍系統。為顧及外界與軍系的反應，唐並未堅持二人的人事。爾後為示尊重陳水扁的「軍種平衡」看法，伍世文的出線即成定局。
伍世文出身海官四十四年班，論期別較湯曜明高出七期，晉升上將也較湯早了一年半；就軍系倫理而言，他的出線不致成為外界的話題。再者伍世文歷任聯五次長、海軍副總司令黃錫麟侍從官、艦隊長、人事署長、艦訓部指揮官、海官校長、海軍副總司令、副參謀總長、海軍總司令、國防部副部長，資歷還算完整。何況他在一九九九年八月一日辦退役，已無軍系身分，所以接任部長，沒有除役問題。加上劉和謙的支持，及伍又曾任唐飛的副手，深知部務的接續方向，在沒有適任人選的狀況下，伍世文的內升，還算是不錯的人事安排。
伍世文內升為國防部長，首要面對的難題係國防二法的推動。由於國防二法完成立法程序後，至今「施行細則」仍未頒布。而立法院在通過國防二法時，要求國防部與參謀本部在一年內必須完成軍政、軍令系統一元化；二年內國防部組織結構於一元化體制下，須完成調整，接著就要進行「精進案」的規畫。由此可知，國防部長若於短期內無法進入狀況，軍政、軍令系統齟齬不斷的結果，對台灣國防安全事務運作影響之大，令人難以想像，所以陳、唐基於安全的考量，選任伍世文內升為國防部長，可說是「為時勢所迫」，對伍世文而言，也是任重道遠的開始。
此外另一項與軍系人事有關的職位安排，則是退輔會主委的人選問題。原先唐飛有意規畫由夏瀛洲出任退輔會主委，然因夏意願不高而作罷。於此，唐飛意促業務與退輔會業務有關的聯勤總司令楊德智接任。
楊出身陸官三十三期，為台灣花蓮人，在唐飛擔任參謀總長時代，曾任唐的副手；二人因有共事經驗，所以軍系對楊的出線，並不覺得意外。
至於與國家安全事務有關的國安會祕書長人選問題，由於殷宗文已表明不留任的意願，陳水扁基於該項職位重要性考量，在劉和謙推薦下，駐日代表莊銘耀可能回任國安會祕書長。
從這一波軍系人事布局規畫可知，陳、唐體制下的軍系運作，頗有過渡性安排的意味，這對陳唐與軍系而言，究竟是好？是壞？值得觀察。
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