二○一三年三月十二日，投票的第一天如預期地以黑煙作結。似乎許多教宗候選人，包括史科拉和謝瑞爾在內，取得的票數都很少。
不過，打從第一輪投票開始，取得最多美洲及歐洲代表支持的候選人就是伯格里奧。紐約的總主教杜蘭樞機，似乎請他同在北半球的同事們把票投給伯格里奧。當晚的晚餐時段，他們熱烈討論史科拉是否是最佳教宗人選。對歐洲選票具有極大影響力的巴黎總主教安德烈．万特魯瓦(André Vingt-Trois)，據說就曾表示伯格里奧是比史科拉更好的教宗人選。
在幾天前的準備過程中，伯格里奧曾經針對天主教會的恩賜及對靈命更新的需求發表談話，儘管布宜諾斯艾利斯的總主教並不以演說聞名，但他的字字句句卻打動許多人的心。演說結尾，他強調「停止以職業導向，不斷追求晉升和有力職務的思維」為其需求。
當天早上的第一輪投票中，似乎有些亞洲和非洲票投給了伯格里奧。隔天，也就是二○一三年三月十三日星期三，他得到更多票數。雖然美洲和多數歐洲票都進了伯格里奧口袋，但義大利的樞機是世界各國中人數最多的，這讓整個情勢仍充滿變數。
祕密會議的第四輪，也是最後一輪投票在下午進行，阿根廷候選人取得了壓倒性的九十張選票，比本篤十六世在二○○五年得到的還要多六張。下午七點五分，眾所期待的白煙終於出現，新任教宗是阿根廷樞機伯格里奧。稍晚，他採用「方濟各」這個徽號，向窮人的密友兼方濟會創始人聖方濟各致敬。選擇徽號時，伯格里奧便很清楚地展現未來志向，他將屏棄「嚴重傷害羅馬作為窮人教會、普世教會形象的奢華與浪費」。
教宗方濟各，來自耶穌會，且致力奉獻於基督聖職以及天主教徒，是第一位拉丁美洲籍宗座。
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