政府單位若無明確的科研整合政策，學術單位和企業，難免因互爭資源與生存空間，影響分工與合作的效果。
產業科技研發工作的上游從事基礎研究，下游則主要是產品創新與製程改善。通常上游的科研工作由學術機構負責，下游的產品研發與設計，則由企業依市場需求與利潤目標進行。
先進國家科研的上下游分工相對單純，位居上游的大學，其研發經費與研發能量足以在基礎科學上帶頭衝刺；下游的企業，則有足夠的規模與行銷優勢，掌握甚至主導產品創新的方向。
國外的上下游分工明確，各自的資源與能力又足以承擔長期的科研投入，不僅持續強化各自的角色，也讓彼此的銜接與配合更順暢。大學除了專注於尖端科技，也能了解業界發展趨勢與技術需求；業界雖然不投入基礎研究，但仍能吸收學術研究成果的精華，並將其轉化為產品創新與製程創新的知識來源。
而台灣在科研工作的上下游垂直分工上就複雜得多；每個環節的規模與能力普遍不足，上下游亦缺乏有效的銜接機制，結果在生存空間與定位，甚至人才、預算等，都呈現彼此競爭的態勢。
台灣上下游分工複雜，主因是大部分大學經費、規模小，只好以類似國家實驗室的機構，整合各大學的研究；企業研發能力不足，只能仰賴財團法人研究機構（如工研院或生技中心等）。在科研的整體價值鏈上，大學、國家實驗室、工研院、民間企業等各自僅占一部分；然而研發規模與資源都相當有限，在整合與「銜接」上當然會比較困難。
所謂「銜接」的意義之一是，上游的研發方向能與下游企業未來的經營策略相呼應，而下游的技術需求，也能影響上游的資源分配或選擇努力方向。
「銜接」的意義之二是，各類型機構的工作範圍既不重複，也沒有斷層。例如，大學的學術研究成果可以作為國家實驗室的基礎；國家實驗室的成果又支持了工研院之類機構；而後者的研究成果，既不會與企業界重複，也不致被企業界敬而遠之或束之高閣。
「銜接」的意義之三是，大學理工學院畢業生，能在研究機構中很快地運用所學、做出貢獻；而研究機構的研究人員和其研究成果，也能移轉到民間企業，以促成商業化的產品創新。
這些銜接與整合的工作，若交由價值鏈中個別的機構自行解決，效果將十分緩慢；而上級單位若運用某些「市場機能」來鼓勵這些機構自求多福或自尋生路，則難免因互爭資源與生存空間，不利於上下游之間的有效分工與合作。
在此一分工複雜、銜接困難的情況下，中央權責機關更明確地界定上下游機構的角色定位，並據之進行資源分配，顯然是必要的。
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