財政部下令十家行庫、人員分成三批，進駐整頓三十六家淨值負數的問題基層金融機構，由於這次事件困難度高，危險性大，所以，中央存款保險公司特別在主管機關同意下，為三百多位進駐查帳人員投保一千萬元意外險，查帳人員的身價在這次行動中創下新高。
財政部長顏慶章在宣布進駐問題基層金融機構的記者會上，也特別表示為進駐人員投保千萬保險，彰顯財政部的謹慎，一千萬元的意外險，創下中央存保公司有史以來投保人數最多、金額最高的意外險保障紀錄，該保險契約內容也很有趣，配合行動的機動性，查核人員可能因為銀行另有任務而提前調離，因應被保險人的名字可能會變更，該保險契約的被保險人是隨時可以更動的。
至於外傳「黑槍伺候」，與基層金融機構交手過的行庫則隱諱地說，不排除有人放話示警，尤其是派系複雜的農會，但是，該人士指出，依照過去的經驗來看，「他們」說歸說，一旦進駐查帳，又都沒事了。
以會員為主體的農會在業務運作上，是以地方派系選舉方式產生的理監事主導，因此在財政部全力剷根下，主力派系可立即透過台面上的政治勢力，與台面下的黑道恐嚇進行反撲。以股金制運作的信用合作社，由於類似正軌的金融機構以股權監督相制衡，主力派系抵制財政部的力量也相對削弱，加上整個經濟大環境不佳，多數信合社的股東們也樂得由大行庫接手。
進行整頓基層金融的行庫感嘆，這項清理行動若提早五年進行，全民付出的代價就少好幾百億元，只可惜因為地方派系掌控的基層金融向來是國民黨選舉票倉，因此再不出重手，會影響年底的選舉，而且，新政府也希望，透過基層金融掃黑，喚回一些民眾的信任。
九月五日起這波行動進入最後階段，九月十五日之前將完成改換招牌作業，好讓九月十八日立法院議會開議時，行政院能有張漂亮的政績可以亮相。不過立法院開議後，政治干預勢必發生，財政部必須堅定整頓清理的決心，否則這個陳年毒瘤仍將繼續大口大口地吸食台灣金融血液。
