6月1日，在一天之內出現兩起有感地震，首例發生在凌晨1時10分、規模5.5；另一例則是發生在上午8時32分，規模4.9，中央氣象署指出，僅凌晨那場規模5.5的是0403花蓮強震的餘震，另一研判為獨立事件，未來不排除有規模5以上餘震。
氣象署地震測報中心說，花蓮及東部海域6月1日分別發生芮氏規模5.5及4.9的淺層地震，深度皆只有10多公里，然而，兩起地震無關，只有規模5.5的是0403花蓮強震的餘震。
地震測報中心說明，凌晨1時10分，發生在花蓮秀林鄉、深度13.1公里的規模5.5地震，屬於0403花蓮規模7.2強震後的餘震系列；上午8時32分，發生東部海域、深度18.8公里的規模4.9地震，是屬於和平海盆的另一起獨立的地震，非0403的餘震。
據統計，0403花蓮強震後，截至6/1上午9時，餘震總數達1493個，其中顯著有感餘震共379個，規模6（含）以上但小於規模7的有6個，規模5（含）以上但小於規模6的有80個。
凌晨1時10分、規模芮氏規模5.5地震
凌晨1時10分花蓮縣秀林鄉發生芮氏規模5.5地震，地震深度13.1公里，最大震度花蓮縣、南投縣、宜蘭縣、台中市4級，超過半個台灣有感。
上午8時32分、規模芮氏規模4.9地震
08時32分發生芮氏規模4.9地震，震央位置在在宜蘭縣政府南南東方47.2公里 ，位於臺灣東部海域。地震深度18.8公里，最大震度4級，新北、桃園有感。
▲凌晨1時10分花蓮縣秀林鄉發生芮氏規模5.5地震，地震深度13.1公里。
▲08時32分台灣東部海域發生芮氏規模4.9地震，地震深度18.8公里。
地震測報中心科長甘志文表示，上午發生的規模4.9地震，震央位在較北邊的台灣東部海域，雖震度達到4級，但涵蓋範圍較小，研判為「獨立事件」。
從餘震序列來看，他提及，目前觀測餘震頻率緩慢下降中，請民眾不用過度擔心，但仍須做好防災準備，未來一個月內不排除還有規模5至5.5的餘震發生。
