媒體在九二一大地震發生之後，曾經扮演了相當重要的角色，除了深入各災區幫助需要協助的災民之外，不少民眾急切地希望透過媒體捐款或捐贈物資給災民。因此，有些媒體更是在逼不得已的情況下設立捐款帳號。另外，也有一些媒體強力放送，每天打出捐款金額，希望各界共襄盛舉。不過，這些錢最後流落何方？是否妥善運用，恐怕非捐款人所能預期的。
在 TVBS 已支出的捐款中，尤以轉捐一億元給中華民國社區營造學會的款項最受外界爭議。由於這一億元款項必須在全盟的監督下使用，而這個學會實際上是由全盟召集人中研院院長李遠哲主導，也就是說，TVBS 間接捐助一億元給李遠哲所主導的單位使用，這筆捐款，使得全盟的角色遭受質疑，而全盟的執行長從中研院瞿海源教授換成了李遠哲的特別助理謝國興，也引起諸多揣測。更重要的是，全盟還要負責監督 TVBS 兩億多元的餘款，未來的角色如何扮演，相當受到矚目。
另外， TVBS 後來轉捐給財團法人人本教育文教基金會三千六百六十萬元，作為「創造性重建計畫」預算，而這項計畫的執行，依全盟的審查意見，認為人本教育基金會培訓義工協助災區學校校務的理念原則上可以同意，只是，像這樣「有急迫性」的教育重建計畫，看在 TVBS 捐款人的眼中，是否如其所願，恐怕又是見仁見智。
再者，民眾擔心自己的愛心捐款遭到濫用或不當使用，尤其不少媒體最後以轉捐給行政院九二一重建基金會，或是轉捐給各地方政府，以解決手上的燙手山芋，似乎也讓民眾的愛心變得「有點隨便」。中國電視公司所募得的五．五億元，在轉捐行政院五千萬元作為補助全民健保、兩百萬元修復集集火車站、三千萬元補助消防署成立特種救助隊、五百萬元轉捐中華搜救總隊，及一億元災區中小學重建等費用之後，剩餘的二．九三億元就全數轉捐給仁愛鄉作為原住民重建基金巧合的是，這些捐款在三一八總統大選之後進行轉捐，似乎也象徵著媒體在新政府成立之前，也要進行「清倉」。
在眾家媒體捐款中，截至目前還保留大筆捐款未用者包括 TVBS 關懷台灣文教基金會、自由時報社、中國時報及民視，而且未用的金額都不小。 TVBS 表示計畫將餘款二．四六億元作為設立賑災紀念館及認養災區受損學校之用；中國時報計畫將餘款一．二七億元作為與企業共同認養災區六所學校之用；自由時報的二．一三億元，幾乎占當初募款金額的九七％均未動用，而自由時報向全盟提出的計畫是認養南投啟智教養院及草屯國小；至於民視捐款保留的一九七萬元，則是計畫建立紀念碑。
民眾透過媒體轉捐給災區的賑災款項，不應該被濫用，這是毋庸置疑的事。不過，有些媒體在收到龐大的款項之後，確實沒有妥善執行款項的能力，因此，無法完整代表捐款人的意願，選擇適當且迫切需求的災民，或許也是媒體在這一次扮演「捐款仲介者」的角色上，所應該深思及檢討的議題。
