立法院正為政府是否需要以每坪高達七‧八三萬元，買下新竹生物醫學園區（簡稱竹北生醫園區︶用地爭執不下時，當事的兩造｜｜高鐵局與國科會卻同時針對這筆土地編列了不同的預算。賣方，也就是高鐵局未將出售土地價款列在今年度的收入中，買方國科會倒是興致勃勃的編列了四十五‧五一億元購地款。政府預算中出現收支不能平衡現象，是人為的疏失抑或另有隱情？
這項提議很快獲得迴響，並納入「挑戰二○○八：國家發展重點計畫」中。而占地三十八．三公頃的生醫園區，位在高鐵新竹車站特定區內；該特定區占地三○九‧二二公頃，高鐵局從在八十七年起陸續徵收土地，最後以一一四‧八億元區段徵收完畢，如今將其中的八分之一土地劃給生醫園區。
從國家發展角度來看，設立生醫園區有助產業未來發展，只不過部分過程交代不清，讓人對生醫園區的設立，有不少的聯想。
首先是這塊土地在考量國家整體發展下，土地的所有權計畫從高鐵局轉售給國科會，國內的科學園區的投資與承租向來由國科會負責，轉售動作問題不大，倒是轉售價差過大啟人疑竇。
由於買賣雙方同屬政府機關，等於是政府的錢從左邊口袋移到右邊口袋，此次移轉的價位由八十八年三月間買進的每坪二二六五元（若含地上物補償拆遷費三十六億元，平均每坪土地徵收費為六一四○元)，三年後準備以每坪七‧八三萬元轉售給國科會，讓國科會平白無辜多支出了八十七億元，此舉究竟是「美化」高鐵局的帳面？還是為了炒高地價，好讓附近的土地所有人高價解套？政府此番帶頭炒地皮的行為，的確有說明的必要。
同時根據新竹縣政府所公告的地價資訊，屬於生醫園區的竹北東海窟地段土地，最高的公告地價是每坪三千六百元，依照一般土地徵收慣例計算，每坪土地的徵收價在一萬五千元上下，若加上整地的四通一平或五通一平，土地成本約三萬五千元到四萬五千元間，如今國科會卻編列了七．八三萬元高價來買，尤其是該區塊列為生醫園區後，公告地價比非生醫園區的每坪一千八百元更高出許多。
此外，令人不解的是，行政院院會尚未通過竹北生醫園區設立案，國科會項下的新竹科園區作業基金硬是在國家預算編列完成後，又編列了四十五‧五一億元購地費，以至形成賣方高鐵局沒有把這筆土地出售款列為當年度的收益的怪現象。在會計講求借貸平衡的處理原則下，國家預算明顯違背慣例，不禁令人懷疑，國科會為何要趕在今年編預算？倒是可以確定的是，不論這筆土地今年買賣雙方交易是否完成，高鐵局與國科會編列的預算的「功力」都會讓人高度質疑，而政府「蓄意」炒作地價用意為何？也值得深入瞭解。
