馬英九眼前有查緝黑金行動中心檢察官侯寬仁的查案行動，與民進黨民代的趁勢追擊，背後則有同黨立委，乘機想拱連戰與王金平瓜分馬英九的權力，集體領導國民黨，馬英九當前的處境是內外夾攻、腹背受敵。
馬英九原本像布袋戲中，擁有金光護體的絕世高手，百毒不侵，毫無破綻，卻因為台北市長特別費，被發現原市長室科員余文「便宜行事」，拿他人的發票報帳，讓馬英九的護體金光破功，不僅一夕之間從稀有的獨角聖獸瞬間變成貪瀆案件的關係人，還成功分散陳水扁總統涉及國務機要費弊案的政治危機。
連戰數度建議馬讓王組閣
但馬英九的危機還不僅於此，民進黨立委趁著查緝黑金行動中心檢察官侯寬仁傳訊馬英九之後，一路追打馬的操守，但與馬英九同黨的國民黨立委，不少人卻是袖手旁觀。
事實上，國民黨榮譽黨主席連戰曾勸過黨主席馬英九讓王金平組閣，但馬英九一直不置可否。
在馬英九身陷特別費風暴後，王金平不僅見過陳總統，也曾二度與呂秀蓮副總統會面。
王金平一方面保持與扁、呂的互動，另一方面又同時與台聯精神領袖、前總統李登輝和連戰分別保持密切的聯繫，各方都在利用王金平，王金平也在利用各方人士，王的組閣聲勢因此水漲船高。但眼前馬英九只能視而不見，避免與連王、民進黨與檢察官三面同時作戰。
在吳淑珍被起訴後，馬英九出訪巴黎前，曾與連戰會面。當時連戰曾經問馬英九，如果陳水扁一直不辭總統，他打算怎麼辦？而馬英九依然主張先提第三次罷免總統案。馬英九的回答讓連戰很不高興。「國民黨一直說會加速推動倒閣、彈劾配套，但如今陳水扁夫婦貪汙事證明確，國民黨卻相關配套都沒完成。」
連戰曾問馬英九，陳水扁是不會自動下台的，而且一定會搞新憲運動，以抓緊深綠群眾支持，迫使民進黨與台聯立委不敢蠢動倒扁，到時候國民黨要怎麼辦？但馬英九只聽沒表示意見。
連戰當時曾勸馬英九應該考慮多數黨組閣，如果王金平能組閣就讓王金平組閣，目前最重要的目標，是把陳水扁的貪腐政權給拉下來，這樣的過程中，必須要包容不同意見，黨內要團結一致，目標明確，要有步驟，不能見樹不見林，「不要把好好一盤棋給下壞了！」但連戰幕僚指出，「連先生該講的話都講了，但是馬主席似乎沒有動靜。」
馬被約談時 連家軍在拱連
不過，讓馬團隊寒心的是，就在馬英九被約談的前一晚，立委許舒博共邀集二十四名國民黨立委在晶華酒店邀宴連戰、王金平。連戰在餐會中直接主張，台灣應該由多數黨取得執政權，「國民黨也應扮演主導性的角色，台灣就是因為多數黨在野，才造成憲政亂象！」
立委柯俊雄還向連戰表態，「雷根七十幾歲才當美國總統，你還是要準備回來選二○○八年啦！」「連主席還很年輕」，柯俊雄說完話，五、六名立委連聲附和，現場掌聲如雷，但連未表示意見，只笑著說：「你們都喝醉了，酒量變差了！」
不少與會立委應和柯俊雄的話，高喊自己是「連家軍」，封王金平是「團長」，根本沒把馬英九當一回事地冷言嘲諷，「反正大家都知道怎麼回事！」
而隔天十四日，在馬英九接受查緝黑金行動中心檢察官侯寬仁偵訊的同時，柯俊雄國會辦公室發出一份文件給國民黨立院次團「新聲會」成員，主張國民黨應改採「連王馬集體領導」，取代「明星惟一制」，引來對馬英九奪權的揣測。
雖然柯俊雄事後說，自己前一晚是「喝酒講的話怎麼算數！」而集體領導文件是幕僚揣摩他的意思，自作主張發文給其他新聲會會員，他不排除嚴懲。不過，許舒博等立委卻認為，就算有人主張國民黨應集體領導，也是認為，只要連戰、王金平願助一臂之力，馬英九就應該寬心接受，而馬英九身邊的人，也不應有被奪權的被迫害妄想症。
連戰的幕僚也坦承，政界與企業界確實有不少人對連戰有所期望，但連戰很清楚自己要的角色，「主席（連戰）目前只專注二件事，第一件是扮演好改善兩岸關係的橋梁，第二件是拉下陳水扁的貪腐政權，不能讓台灣跟著陳水扁一起沉淪。」因此連戰一直希望馬英九能有更開創性的作為，而讓王金平組閣是連戰認為具有開創性的作法。
馬英九首長特別費風暴所引發的國民黨內部矛盾，也都看在民進黨高層眼裡。
民進黨不再聞馬喪膽
民進黨高層曾把連、宋、王、馬四人的幕僚群與支持群眾背景詳細列出後發現，連戰擁有來自林豐正、徐立德等國民黨智庫支持，屬於北部系統；宋楚瑜有馬傑明、夏龍等老省府團隊，屬於中部系統；而王金平的立法院幕僚團在南部實力堅強。
相對之下，馬英九的策士則多是台北市府團隊，當泛藍內部的北、中、南三股勢力對上馬團隊，乘馬英九陷入特別費風暴，力量薄弱時力拱連戰，那麼連戰重出江湖，成為泛藍共主的機率還真不小。
民進黨高層表示，連王勢力與馬英九勢力的矛盾，若因馬英九特別費風暴而加劇，國民黨內部政治生態必然會有所改變。
他說，雖然馬英九眼前的支持度未必快速大幅下降，但社會信任度可說已大不如前，不再純淨無瑕，對民進黨基層已產生鼓舞作用。經過這一仗，馬英九不再是無懈可擊，民進黨不再怕馬英九。
