國內COVID-19疫情今（25）日新增76例本土病例、5例死亡，其中台北市新增20例確診，北市府駐衛警同仁也傳出確診。台北市長柯文哲下午在疫情記者會上說明，「北農專案2.0」下周起全面進行PCR；北市府駐衛警同仁已施打過疫苗仍確診，目前已匡列13位接觸者，PCR皆為陰性，居家隔離中。針對疫苗殘劑施打，柯文哲表示將授權診所處理。另外，印度Delta病毒入侵台灣，柯文哲直言「要學著與病毒共存才是新常態」。
日期：2021-06-25
新冠肺炎本土疫情持續蔓延，中央流行疫情指揮中心今公布確診名單，新增129例本土確診，其中以新北市占54例最多、其次為台北市35例。台北市長柯文哲下午於疫情記者會上指出，北市篩出無症狀感染者增加，且多為年輕人。他從公衛立場警告，印度株變種病毒遲早入台灣，不要幻想沒有疫情。
日期：2021-06-24
台北農產公司近期爆發第三波群聚感染，北市府篩檢3200位員工後，今天再增11人快篩陽性、4人PCR陽性，目前已累計54人。由於農產公司每日往來人流遍及全台各地、又為台灣蔬果承銷重鎮，引發各界高度關注，中央流行疫情指揮中心與北市合作以專案施打疫苗解決這波疫情。不過，台北市長柯文哲下午於記者會上抱怨，「媒體報導實在太誇大，要出來說明一下」。柯認為，近期北農群聚感染引發全國議論，連日為媒體報導重點，為「有心人士幕後操作，實在很痛苦」。
日期：2021-06-23
國內今（22）日新增78例本土病例、6例死亡，其中台北市新增確診25例，近日更爆出北農、士林長照機構、北藝中心工地皆有確診。台北市長柯文哲下午於疫情記者會上說明，北農之所以沒設快篩站，是因為剝皮寮快篩站就在旁邊。他也宣布，新增5類可優先施打疫苗對象，分別為批發市場、已施打第一劑AZ疫苗須接種第二劑者、街友、鄰長，以及75歲以上外籍人士。
日期：2021-06-22
台中市長盧秀燕日前宣布，開放全市鄰長打疫苗後，原本被中央打槍，後來又稱鄰長有協助防疫而放行，但要落實造冊。台北市長柯文哲下午於市議會詢答時表示，北市優先施打清冊將納入鄰長，但嗆中央「這實在不應該，（造冊）應全國統一標準，中央實在不負責任」。
日期：2021-06-21
台北農產運銷公司日前連續傳出數波群聚染疫，還不斷擴散，後來北農證實有45名員工確診。對此，北市府週末緊急成立專案小組處理，中央流行疫情指揮中心也進場協助，雙方昨達成共識並擬定戰略，農產公司員工、委外廠商及中南部承銷商共計4000人將全數快篩、並施打疫苗。北農5月底至今已有三波群聚感染，外界質疑北市反應慢半拍，且未進行大規模篩檢，涉刻意隱瞞群聚感染疫情。北市副市長黃珊珊中午在記者會上否認有此情事，指北市府與北農都曾擬設快篩站，但交涉過程中承銷人難以控制，且中央疫情指揮中心未納北農為疫苗施打對象。
日期：2021-06-21
疫苗已在全台灣各縣市開打，但不斷有施打疫苗後猝死的個案傳出，台北市目前也已有4例猝死病例傳出，目前全部都在進行司法相驗，待相驗完成後，才知道死因是否與疫苗有關。台北市政府高層今（18）日下午在防疫記者會上表示，關於相關猝死案例，都會協助家屬做死因鑑定，如果為疫苗不良反應，也會協助做相關救濟。至於是否有些長者因猝死案例而不敢施打疫苗，副市長蔡炳坤對此表示，不敢說完全沒有影響，但影響有限。
日期：2021-06-18
經濟部工業局日前發函工業區廠商聯誼會，調查施打國產疫苗的情況，指「有員工不願施打國產疫苗或指定疫苗，請勿列入名冊」。由於國產疫苗尚未取得衛福部緊急使用授權（EUA），工業局卻急於調查國產疫苗施打意願，引發各界批評。台北市長柯文哲今被媒體問及此事，第一時間乾笑兩聲，開玩笑說「政府終於不演了」。另外針對近期疫苗爭議，總統蔡英文表示泰國疫情嚴重、因此泰國阻擋AZ疫苗出口，菲律賓政府也公開否認曾函詢購買我國國產疫苗，柯再酸「就是泰國與菲律賓政府，也都不演了」。
日期：2021-06-17
台灣今迎來連續第四天本土確診的個案數降到200例以下，外界關心第三級警戒是否能如期在6月28日解除。台北市長柯文哲今鬆口提出北市解封的標準，表示「若北市每天確診案例降到10例以下，才需要處理這個問題」。此外，媒體昨公布北市防疫民調有75%網友不滿意。柯文哲今天也直嗆，「人在做天在看，不是電腦在看啦」。
日期：2021-06-16
台北市開放85歲以上長者開打AZ疫苗，今起在28家地區醫院、12家聯醫門診部、135家社區診所都可預約接種，開打首日預約亂象多，引發不少民怨。由於疫苗有有效期限、外界擔心開瓶後打不完，原本一瓶有10人份，開瓶後有些地點沒辦法湊到剛好的施打人數，外界質疑是否會造成浪費，或隨意施打不在名單上民眾。市長柯文哲今說明，自己已簽字發出行政命令，基於人與人之間的互信為原則，他相信「醫生會做最適當的使用」。
日期：2021-06-15
