腸病毒來勢洶洶！國內2012年以來，未出現大規模腸病毒71型流行疫情，3歲以下的幼兒大多未曾感染，疾管署預測，今年爆發大流行的機率很高，已成立應變工作小組，並指定全國76家腸病毒責任醫院嚴陣以待。
日期：2016-03-16
流感病毒容易變異，且會受到氣候與人潮南北流動影響，導致流感疫情難以預測。為了更精確掌握疫情，衛福部疾管署與宏碁合作，於今（11）日發布「流感預報站」網站，方便民眾隨時上網查詢。
日期：2018-04-11
韓國流感疫苗接種近日接連傳出死亡案例，我也正值流感疫苗開打期間，民眾難免心慌，憂國內也出現類似狀況。據衛福部統計，今年截至目前為止，流感疫苗接種409萬劑，其中不良反應累積51例，但疾管署副署長莊人祥說，大多屬於非嚴重不良反應，與同期比較並無異常。
日期：2020-10-24
繼中國大陸內蒙古夫妻確診鼠疫，昨天內蒙古再爆新增一病例，截至今年為止共累計鼠疫病例4例（其中1例死亡）。疾管署表示，正密切監控大陸鼠疫疫情，若有院內、社區感染或無法交代感染來源的情況，將立即提高旅遊疫情建議警示，提醒大家避免前往疫區及接觸囓齒動物。
日期：2019-11-18
長榮航空公司傳出有空服員回台後無視應居家檢疫5天的防疫規定，屢屢外出，長榮11月已將該空服員免職。中央流行疫情指揮中心坦言，6個月來至少有7名空服員違反規定外出趴趴走，分別是3名長榮航空公司空服員，以及4名華航空服員。長榮稍早內部公告，自明日起將公司追蹤關懷管控調整為由疾管署列管，但指揮中心表示是誤解，有關機組員居家檢疫仍在研議中。
日期：2020-12-04
第二波公費流感疫苗才剛開打，全台各縣市診所、衛生所陸續傳出疫苗短缺消息，甚至得先挪用校園疫苗讓抵抗力較弱的長者先打，有的則被抱怨分配不均，各地紛傳「疫苗之亂」。
日期：2019-12-13
2024大選後，疾管署依約公布高端疫苗合約，對於在野黨陣營與輿論仍持續提出質疑。疾管署周三（1/17）針對各界提出的疑慮，包括EUA與簽約時機、EUA通過就簽保密合約、採購價格高於預算編列價格等，彙整八大問答釋疑。
日期：2024-01-17
近期流感盛行，為增加民眾接種流感疫苗的便利性，疾管署與全台78間全聯合作，設置公費疫苗接種站，並呼籲孕婦、高風險慢性病人、50歲以上中壯年族群、6個月內大嬰幼兒應盡速完成接種。
日期：2020-01-07
