近來傳出部分海軍官兵拒絕配合高雄市政府電話進行COVID-19（武漢肺炎）疫調，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中今在例行記者會指出，電話疫調恐衍伸個資問題，建議疫調相關人員應親自前往；至於有確診官兵下船後，曾與女友前往商務旅館、汽車旅館...等近來引起各界熱議的話題，陳時中也做出回應。另外，海軍日前緊急召回艦上官兵採檢，但集結地點未事先溝通，逕自選擇台中一中，海軍副司令梅家樹今日特對此致歉。
日期：2020-04-21
海軍敦睦艦隊的補給艦磐石號傳出24人確診COVID-19（武漢肺炎），成為國內最新防疫破口。台灣大學公共衛生學院認為，現在需要查出艦上的指標案例（首例確診）是誰，並且將24人及其密切接觸者的觀察期拉長至28天，以避免出現第二波的社區感染。
日期：2020-04-20
中央流行疫情指揮中心今（19）日公布，海軍磐石艦新增21例COVID-19（武漢肺炎）確診，該艦目前累積已24人感染，而軍方也坦承，敦睦艦隊在帛琉參與活動時，並不是所有官兵都有全程配戴口罩。
日期：2020-04-19
中央流行疫情指揮中心昨（18）日公布，海軍敦睦艦隊2名實習生（案396、397）及1名軍人（案398）確診感染COVID-19（武漢肺炎），3人都出現嗅覺異常症狀，症狀相當具指標性，由於先前出現此症狀的都是歐美的境外移入，也可是相同病毒株感染，因此，指揮中心內部認為應是在帛琉當地遭感染。但，由於帛琉至今仍是0確診，讓外界對於感染真正來源還是一頭霧水，對此，台大醫院小兒部主任黃立民表達自身看法，給出了可能原因。
日期：2020-04-19
2名軍艦實習生及1名軍人確診感染COVID-19（武漢肺炎），卻傳出不僅軍方未能符合靠泊自主管理的規定、提早放人下船，甚至士兵早已出現頭痛症狀，艦上健康報告竟註記「正常」，讓外界質疑是否隱匿疫情；對此，海軍司令部表示，隨艦醫官僅以當時症狀做專業判斷並無隱匿情事，後續會再配合指揮中心疫調釐清真相。
日期：2020-04-18
